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万見
- PDB-6ijb: Structure of 3-methylmercaptopropionate CoA ligase mutant K523A i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ijb
タイトルStructure of 3-methylmercaptopropionate CoA ligase mutant K523A in complex with AMP and MMPA
要素AMP-binding domain protein
キーワードLIGASE / CoA ligase / ATP dependent / comformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(methylsulfanyl)propanoic acid / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP-binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ruegeria lacuscaerulensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.111 Å
データ登録者Shao, X. / Cao, H.Y. / Wang, P. / Li, C.Y. / Zhao, F. / Peng, M. / Chen, X.L. / Zhang, Y.Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31630012 中国
National Science Foundation (China)41706152 中国
National Science Foundation (China)31728001 中国
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Mechanistic insight into 3-methylmercaptopropionate metabolism and kinetical regulation of demethylation pathway in marine dimethylsulfoniopropionate-catabolizing bacteria.
著者: Shao, X. / Cao, H.Y. / Zhao, F. / Peng, M. / Wang, P. / Li, C.Y. / Shi, W.L. / Wei, T.D. / Yuan, Z. / Zhang, X.H. / Chen, X.L. / Todd, J.D. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP-binding domain protein
B: AMP-binding domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,5645
ポリマ－118,8152
非ポリマー7503
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7390 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area41150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.467, 122.572, 74.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AMP-binding domain protein / 3-methylmercaptopropionate CoA ligase / MMPA CoA ligase


分子量: 59407.371 Da / 分子数: 2 / 変異: K523A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruegeria lacuscaerulensis (strain DSM 11314 / KCTC 2953 / ITI-1157) (バクテリア)
株: DSM 11314 / KCTC 2953 / ITI-1157 / 遺伝子: SL1157_2728 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0CPY8
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-A8C / 3-(methylsulfanyl)propanoic acid / 3-(メチルチオ)プロピオン酸


分子量: 120.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris propane, PEG 3350, Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→26.18 Å / Num. obs: 65209 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 33.14
反射 シェル解像度: 2.11→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 0.373 / Num. unique obs: 5614

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BSR

5bsr


解像度: 2.111→26.18 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 3151 4.84 %
Rwork0.1856 --
obs0.1875 65111 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.111→26.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8320 0 49 595 8964
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9611657
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0485110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1111-2.14260.2986840.24411733X-RAY DIFFRACTION63
2.1426-2.17610.32991390.21982784X-RAY DIFFRACTION100
2.1761-2.21180.28821520.22832732X-RAY DIFFRACTION100
2.2118-2.24990.27671440.26432729X-RAY DIFFRACTION99
2.2499-2.29080.46911230.34712638X-RAY DIFFRACTION95
2.2908-2.33490.25851570.22482769X-RAY DIFFRACTION100
2.3349-2.38250.25631450.21252720X-RAY DIFFRACTION100
2.3825-2.43430.28091210.19682796X-RAY DIFFRACTION100
2.4343-2.49090.241380.20172780X-RAY DIFFRACTION100
2.4909-2.55320.26371430.20122754X-RAY DIFFRACTION100
2.5532-2.62220.25011440.20432761X-RAY DIFFRACTION100
2.6222-2.69930.26571390.21342724X-RAY DIFFRACTION99
2.6993-2.78630.27691440.20762777X-RAY DIFFRACTION100
2.7863-2.88590.25011630.20462724X-RAY DIFFRACTION99
2.8859-3.00130.22291510.19892770X-RAY DIFFRACTION100
3.0013-3.13780.23441310.20712760X-RAY DIFFRACTION100
3.1378-3.30310.24611350.2052769X-RAY DIFFRACTION100
3.3031-3.50980.21471480.1942720X-RAY DIFFRACTION98
3.5098-3.78030.24391300.18652692X-RAY DIFFRACTION97
3.7803-4.160.17661460.16122642X-RAY DIFFRACTION95
4.16-4.76020.18561130.13952691X-RAY DIFFRACTION96
4.7602-5.99060.18641390.15152722X-RAY DIFFRACTION97
5.9906-31.52750.1461220.14822773X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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