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- PDB-6iiu: Crystal structure of the human thromboxane A2 receptor bound to r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iiu
タイトルCrystal structure of the human thromboxane A2 receptor bound to ramatroban
要素Soluble cytochrome b562,Thromboxane A2 receptor,Rubredoxin,Thromboxane A2 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Complex / Antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


thromboxane A2 receptor activity / Prostanoid ligand receptors / alkane catabolic process / positive regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of blood pressure / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / response to testosterone / positive regulation of vasoconstriction / smooth muscle contraction / positive regulation of blood coagulation ...thromboxane A2 receptor activity / Prostanoid ligand receptors / alkane catabolic process / positive regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of blood pressure / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / response to testosterone / positive regulation of vasoconstriction / smooth muscle contraction / positive regulation of blood coagulation / response to nutrient / acrosomal vesicle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / electron transport chain / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / nuclear speck / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thromboxane receptor / Prostanoid receptor / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain ...Thromboxane receptor / Prostanoid receptor / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Cytochrome c/b562 / Rubrerythrin, domain 2 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Single Sheet / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A8X / CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Rubredoxin / Soluble cytochrome b562 / Thromboxane A2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fan, H. / Zhao, Q. / Wu, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC024 中国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for ligand recognition of the human thromboxane A2receptor.
著者: Fan, H. / Chen, S. / Yuan, X. / Han, S. / Zhang, H. / Xia, W. / Xu, Y. / Zhao, Q. / Wu, B.
履歴
登録2018年10月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,Thromboxane A2 receptor,Rubredoxin,Thromboxane A2 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9167
ポリマ－53,2421
非ポリマー1,6746
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.160, 155.080, 128.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Thromboxane A2 receptor,Rubredoxin,Thromboxane A2 receptor / Cytochrome b-562 / TXA2-R / Prostanoid TP receptor / Rd / TXA2-R / Prostanoid TP receptor


分子量: 53242.238 Da / 分子数: 1 / 変異: M1007W/H1102I/R1106L/L247A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GPCR protein followed a traditional fusion strategy by introducing a bRIL fusion protein at the N terminus of the receptor and a rubredoxin fusion protein in the third intracellular loop of ...詳細: GPCR protein followed a traditional fusion strategy by introducing a bRIL fusion protein at the N terminus of the receptor and a rubredoxin fusion protein in the third intracellular loop of the receptor. The residues from bRIL were numbered with 1001-1106 and the residues from rubredoxin were numbered with 2001 to 2054, with 2001 and 2054 covalently linked to residues 228 and 237 of the receptor, respectively.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: cybC, TBXA2R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P21731, UniProt: P00268

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非ポリマー , 6種, 17分子

#2: 化合物 ChemComp-A8X / 3-[(3R)-3-[(4-fluorophenyl)sulfonylamino]-1,2,3,4-tetrahydrocarbazol-9-yl]propanoic acid / Ramatroban / ラマトロバン


分子量: 416.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21FN2O4S / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: Magnesium acetate, PEG 500 DME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 27682 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 66.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PXZ, 1M6T, 1IRO

4pxz

1m6t

1iro


解像度: 2.5→41.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.247 / SU Rfree Blow DPI: 0.191 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1411 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 27682 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6937 Å20 Å20 Å2
2--0.7203 Å20 Å2
3----0.0266 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→41.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 96 11 3565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013637HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.094967HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1208SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes69HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes552HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3637HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion478SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4258SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 121 4.83 %
Rwork0.217 2382 -
all0.218 2503 -
obs--85.52 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.8658 Å / Origin y: 160.678 Å / Origin z: 142.328 Å
111213212223313233
T-0.054 Å2-0.0105 Å2-0.0365 Å2--0.264 Å20.0064 Å2---0.177 Å2
L0.8061 °21.4815 °2-0.2299 °2-4.5865 °2-0.866 °2--0.9193 °2
S0.0887 Å °-0.0413 Å °0.0043 Å °0.3724 Å °-0.0915 Å °-0.0857 Å °-0.0846 Å °0.0146 Å °0.0029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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