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- PDB-6iia: MexB in complex with LMNG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iia
タイトルMexB in complex with LMNG
要素Multidrug resistance protein MexB
キーワードMEMBRANE PROTEIN / multidrug / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / Multidrug resistance protein MexB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Nakashima, R. / Sakurai, K. / Nakao, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR12M6 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of multidrug efflux pump MexB bound with high-molecular-mass compounds.
著者: Sakurai, K. / Yamasaki, S. / Nakao, K. / Nishino, K. / Yamaguchi, A. / Nakashima, R.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年12月13日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein MexB
B: Multidrug resistance protein MexB
C: Multidrug resistance protein MexB
D: Multidrug resistance protein MexB
E: Multidrug resistance protein MexB
F: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)684,2468
ポリマ－682,2366
非ポリマー2,0102
水00
1
A: Multidrug resistance protein MexB
B: Multidrug resistance protein MexB
C: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,1234
ポリマ－341,1183
非ポリマー1,0051
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19350 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area107770 Å2
手法PISA
2
D: Multidrug resistance protein MexB
E: Multidrug resistance protein MexB
F: Multidrug resistance protein MexB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,1234
ポリマ－341,1183
非ポリマー1,0051
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19320 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area108570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.949, 134.343, 149.692
Angle α, β, γ (deg.)87.530, 70.200, 89.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Multidrug resistance protein MexB / Multidrug-efflux transporter MexB


分子量: 113706.008 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: mexB, PA0426 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52002
#2: 化合物 ChemComp-AV0 / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside / 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}dodecyl4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 50mM Na Acetate-HCl pH5.0, 300mM NaCl, 25% PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→140.73 Å / Num. obs: 199569 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 0.838 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.953.90.753100110.7860.4410.8730.92898.7
2.95-33.90.66199840.820.3860.7650.94398.8
3-3.063.90.566100000.8480.330.6550.92798.7
3.06-3.123.90.45699480.8940.2650.5280.9498.7
3.12-3.1940.37699420.9170.2180.4340.94199
3.19-3.2740.30799870.940.1780.3550.94299
3.27-3.3540.256100010.9530.1480.2960.94198.9
3.35-3.4440.19299690.9730.1110.2220.94999
3.44-3.543.90.15100020.9810.0870.1740.97599
3.54-3.6540.11499700.9880.0660.1320.91199.1
3.65-3.783.90.08699970.9920.050.10.91799
3.78-3.943.90.064100220.9940.0370.0740.91299.1
3.94-4.113.90.045100170.9960.0260.0530.83299.2
4.11-4.333.90.03699770.9970.0210.0420.80699.3
4.33-4.63.90.028100570.9970.0160.0320.78299.3
4.6-4.963.90.024100110.9980.0140.0280.75199.3
4.96-5.463.90.022100370.9980.0130.0260.66299.5
5.46-6.253.80.022100280.9970.0130.0250.60999.5
6.25-7.873.80.015100690.9990.0090.0180.52499.5
7.87-1003.60.01295400.9990.0070.0140.48194.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W9I

3w9i


解像度: 2.91→140.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 17.911 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.437
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2777 9196 5 %RANDOM
Rwork0.2339 ---
obs0.2361 174254 92.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 202.55 Å2 / Biso mean: 54.214 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å21.18 Å2-0.48 Å2
2---0.22 Å20.44 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.91→140.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46738 0 138 0 46876
Biso mean--48.62 --
残基数----6160
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01947831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0246802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6621.9765000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0983107467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08856151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.62924.3951859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.743157908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2715228
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.27612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02154121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0210603
LS精密化 シェル解像度: 2.909→2.984 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 450 -
Rwork0.297 8576 -
all-9026 -
obs--61.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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