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- PDB-6i7w: Structure of the periplasmic binding protein (PBP) AccA in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i7w
タイトルStructure of the periplasmic binding protein (PBP) AccA in complex with 2-glucose-2-O-lactic acid phosphate (G2LP) from Agrobacterium fabrum C58
要素ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H6Q / Chem-H6Z / ABC transporter substrate-binding protein / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Morera, S. / Vigouroux, A. / El Sahili, A.
引用ジャーナル: Org. Biomol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Synthesis of a non-natural glucose-2-phosphate ester able to dupe the acc system of Agrobacterium fabrum.
著者: Li, S.Z. / Vigouroux, A. / Ahmar, M. / El Sahili, A. / Soulere, L. / Sago, L. / Cornu, D. / Morera, S. / Queneau, Y.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8704
ポリマ－57,1781
非ポリマー6913
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.320, 108.280, 113.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-952-

HOH

21A-1020-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter, substrate binding protein (Agrocinopines A and B)


分子量: 57178.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
遺伝子: accA, Atu6139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7D2F4, UniProt: Q52012*PLUS
#2: 糖 ChemComp-H6Q / 2-O-[(R)-{[(2S)-1,1-dihydroxypropan-2-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-beta-D-glucopyranose / [(2~{S})-1,1-bis(oxidanyl)propan-2-yl] [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate / 2-O-[(R)-{[(2S)-1,1-dihydroxypropan-2-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-beta-D-glucose / 2-O-[(R)-{[(2S)-1,1-dihydroxypropan-2-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-D-glucose / 2-O-[(R)-{[(2S)-1,1-dihydroxypropan-2-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-glucose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 334.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19O11P
#3: 糖 ChemComp-H6Z / 2-O-[(R)-{[(2S)-1,1-dihydroxypropan-2-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-alpha-D-glucopyranose / [(2~{S})-1,1-bis(oxidanyl)propan-2-yl] [(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate / 2-O-[(R)-{[(2S)-1,1-dihydroxypropan-2-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-alpha-D-glucose / 2-O-[(R)-{[(2S)-1,1-dihydroxypropan-2-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-D-glucose / 2-O-[(R)-{[(2S)-1,1-dihydroxypropan-2-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 334.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19O11P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 4K, Acetate Sodium, citrate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42 Å / Num. obs: 45083 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 33.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.86
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RA1

2ra1


解像度: 1.8→26.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.126 / SU Rfree Blow DPI: 0.11 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.109
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 2248 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.173 44966 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.874 Å20 Å20 Å2
2--0.5677 Å20 Å2
3----5.4416 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→26.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3963 0 43 328 4334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014123HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.015606HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1408SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes584HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4123HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion528SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4996SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 163 5 %
Rwork0.294 3098 -
all0.296 3261 -
obs--99.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.1922 Å / Origin y: -13.1632 Å / Origin z: -25.4936 Å
111213212223313233
T-0.1011 Å20.0218 Å2-0.0245 Å2--0.1473 Å2-0.0346 Å2---0.0468 Å2
L0.9928 °20.4271 °20.1501 °2-0.5571 °2-0.0375 °2--1.019 °2
S-0.0446 Å °-0.0474 Å °0.1727 Å °0.0276 Å °-0.0691 Å °0.0955 Å °-0.1078 Å °-0.0883 Å °0.1137 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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