ソフトウェア 名称 バージョン 分類 XSCALEデータスケーリング REFMAC精密化 PDB_EXTRACT3.24 データ抽出 XDSデータ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1KYW解像度 : 1.35→29.31 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.981 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.974 / SU B : 1.492 / SU ML : 0.026 / SU R Cruickshank DPI : 0.039 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.039 / ESU R Free : 0.039 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.148 3764 2 % RANDOM Rwork 0.1217 - - - obs 0.1222 184027 99.96 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å原子変位パラメータ Biso max : 68.35 Å2 / Biso mean : 15.123 Å2 / Biso min : 6.95 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.18 Å2 -0 Å2 -0 Å2 2- - -0.56 Å2 0 Å2 3- - - 0.39 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.35→29.31 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 5398 0 103 1014 6515 Biso mean - - 14.79 27.41 - 残基数 - - - - 706
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.014 5949 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 5541 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.678 1.666 8095 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.136 1.652 12994 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.277 5 769 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.276 23.934 244 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.698 15 1028 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg22.998 15 18 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.096 0.2 776 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.02 6676 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1074 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr2.244 3 11490 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_free19.522 5 635 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded7.391 5 11722
LS精密化 シェル 解像度 : 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.286 297 - Rwork 0.269 13435 - all - 13732 - obs - - 99.84 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 8) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.4408 -0.0923 0.0675 0.8155 -0.3844 0.658 -0.0126 -0.0082 -0.0489 -0.0389 0.0355 0.0528 0.0514 -0.0319 -0.023 0.005 -0.0024 -0.0006 0.0499 -0.004 0.0086 -2.2327 -34.4163 18.053 2 2.358 0.8671 -0.9734 1.6193 -0.5235 2.4243 -0.0155 -0.0335 0.0508 0.0329 0.0005 0.1809 -0.0748 -0.241 0.015 0.0221 0.0266 -0.0101 0.0855 -0.0031 0.0372 -21.7631 -12.3252 8.963 3 0.9222 -0.1349 0.4304 0.5119 -0.1141 1.0206 -0.0124 -0.0459 0.1178 0.0282 -0.0014 0.0099 -0.1554 -0.0628 0.0139 0.0368 0.0113 0.0029 0.0358 -0.0087 0.0203 -7.9138 -8.0517 17.9327 4 2.1253 1.3733 -0.356 3.86 -1.0448 1.8912 0.0211 -0.1342 0.2588 0.2792 0.0254 0.2521 -0.3015 -0.176 -0.0465 0.1118 0.0403 0.0018 0.0805 -0.0295 0.0546 -14.5569 -2.2117 22.7216 5 0.5379 -0.3555 -0.1816 0.7562 0.1559 0.435 -0.0272 -0.085 0.0401 0.0523 0.0246 -0.0906 -0.0214 0.0703 0.0026 0.0089 -0.0124 -0.0091 0.0704 0.0049 0.0125 15.4502 -26.6006 24.7802 6 2.6602 0.9106 2.5985 2.2695 2.0362 8.2403 -0.0339 0.0083 -0.0331 0.0089 0.0188 -0.3124 -0.1666 0.3371 0.0151 0.0094 0.0085 0.0027 0.1305 0.0242 0.1155 36.1345 -43.6228 25.0976 7 1.6891 -0.3317 -0.2027 0.628 0.0639 0.8025 -0.0216 -0.1244 -0.1852 0.0572 -0.0133 -0.0461 0.1146 0.1289 0.0349 0.0353 0.0159 0.0062 0.07 0.0358 0.0486 20.9398 -50.281 26.7587 8 4.5906 0.2878 -0.1251 6.8894 0.8567 8.2844 -0.151 -0.5548 -0.5644 0.74 0.163 -0.1551 0.7275 0.2481 -0.012 0.1537 0.0589 0.017 0.1617 0.0723 0.1691 26.9824 -61.8273 34.3191
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A13 - 187 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A188 - 258 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A259 - 331 4 X-RAY DIFFRACTION 4 A332 - 365 5 X-RAY DIFFRACTION 5 B13 - 217 6 X-RAY DIFFRACTION 6 B218 - 238 7 X-RAY DIFFRACTION 7 B239 - 360 8 X-RAY DIFFRACTION 8 B361 - 365