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- PDB-6hdn: Crystal structure of human ATAD2 bromodomain in complex with 3-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hdn
タイトルCrystal structure of human ATAD2 bromodomain in complex with 3-methyl-8-((8-methyl-8-azabicyclooctan-3-yl)amino)-1,7-naphthyridin-2(1H)-one
要素ATPase family AAA domain-containing protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / INHIBITOR / ATAD2 / BROMODOMAIN / EPIGENETICS / ATPase family AAA domain-containing protein 2
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / histone binding / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain ...ATPase family AAA domain-containing protein ATAD2-like / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FZB / ATPase family AAA domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chung, C.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Aiming to Miss a Moving Target: Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Selectivity in Constrained ATAD2 Inhibitors.
著者: Bamborough, P. / Chung, C.W. / Furze, R.C. / Grandi, P. / Michon, A.M. / Watson, R.J. / Mitchell, D.J. / Barnett, H. / Prinjha, R.K. / Rau, C. / Sheppard, R.J. / Werner, T. / Demont, E.H.
履歴
登録2018年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPase family AAA domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1647
ポリマ－15,4541
非ポリマー7116
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Ligand binding characterised FRET and SPR
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.070, 79.070, 138.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1203-

SO4

21A-1203-

SO4

31A-1413-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ATPase family AAA domain-containing protein 2 / AAA nuclear coregulator cancer-associated protein / ANCCA


分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SM remains from tag cleavage / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATAD2, L16, PRO2000 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PL18, EC: 3.6.1.3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-FZB / 3-methyl-8-((8-methyl-8-azabicyclooctan-3-yl)amino)-1,7-naphthyridin-2(1H)-one


分子量: 298.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N4O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.2-1.5M ammonium sulphate and 20-25% PEG3350. / PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→68.48 Å / Num. obs: 20781 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.28 % / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化解像度: 1.9→68.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 5.15 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.116 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22956 1066 5.1 %RANDOM
Rwork0.19378 ---
obs0.19561 19709 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20.25 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→68.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1084 0 45 198 1327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0191169
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021121
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9541.9891585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73632584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1365135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.32223.49263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07715216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.1361514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2625.926526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2615.908524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.27413.266656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.27213.278657
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3496.716641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3446.721642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.59214.793923
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.74228.981557
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.74628.9681556
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 80 -
Rwork0.237 1414 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.4122 Å / Origin y: 41.0101 Å / Origin z: 3.327 Å
111213212223313233
T0.0079 Å2-0.0189 Å20.0151 Å2-0.1019 Å2-0.0192 Å2--0.0864 Å2
L1.495 °20.3105 °2-0.2849 °2-0.0815 °20.0919 °2--1.5133 °2
S0.005 Å °-0.2284 Å °0.0394 Å °-0.0039 Å °-0.0452 Å °0.0024 Å °-0.0087 Å °-0.0358 Å °0.0402 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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