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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h59
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis phosphatidylinositol phosphate synthase (PgsA1) with CDP-DAG bound
要素CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Phosphotransferase / Glycerophospholipid metabolism / Metal binding protein / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-diacylglycerol-inositol 3-phosphatidyltransferase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / phospholipid biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol phosphate synthase PgsA1 / CDP-alcohol phosphotransferase transmembrane (TM) domain / : / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferase, transmembrane domain / CDP-alcohol phosphatidyltransferase / CDP-alcohol phosphatidyltransferases signature. / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FQT / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / TRIETHYLENE GLYCOL / Phosphatidylinositol phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Grave, K. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Structure ofMycobacterium tuberculosisphosphatidylinositol phosphate synthase reveals mechanism of substrate binding and metal catalysis.
著者: Grave, K. / Bennett, M.D. / Hogbom, M.
履歴
登録2018年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase
B: CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,33834
ポリマ－46,5492
非ポリマー7,78932
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.986, 115.080, 45.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CDP-diacylglycerol--inositol 3-phosphatidyltransferase / Phosphatidylinositol synthase / PI synthase


分子量: 23274.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: pgsA1, Rv2612c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P9WPG7, EC: 2.7.8.11

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非ポリマー , 7種, 163分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-FQT / [(2~{S})-3-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-azanyl-2-oxidanylidene-1,4-dihydropyrimidin-3-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexanoyloxy-propyl] hexanoate


分子量: 675.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H43N3O15P2
#6: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 33% PEG 400 (v/v), 0.1 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris pH 6, and 0.1 M MgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→74.61 Å / Num. obs: 48544 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 17.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å57.54 Å
Translation1.8 Å57.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
xia2データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H53

6h53


解像度: 1.8→49.62 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.07
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 2401 4.97 %Random selection
Rwork0.196 ---
obs0.197 48270 99.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2968 0 291 131 3390
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1244515
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.6621192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008535
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83670.35351430.32122623X-RAY DIFFRACTION99
1.8367-1.87670.34321470.29462626X-RAY DIFFRACTION98
1.8767-1.92030.30011490.27542635X-RAY DIFFRACTION99
1.9203-1.96840.26741250.24562680X-RAY DIFFRACTION99
1.9684-2.02160.32141240.22412663X-RAY DIFFRACTION99
2.0216-2.08110.25041500.21112649X-RAY DIFFRACTION99
2.0811-2.14830.22711460.19372662X-RAY DIFFRACTION99
2.1483-2.2250.21361470.1762651X-RAY DIFFRACTION99
2.225-2.31410.22331390.17092697X-RAY DIFFRACTION100
2.3141-2.41950.20611330.15742694X-RAY DIFFRACTION100
2.4195-2.5470.1881380.15512707X-RAY DIFFRACTION100
2.547-2.70660.20151580.15122688X-RAY DIFFRACTION100
2.7066-2.91560.18431340.15352714X-RAY DIFFRACTION100
2.9156-3.20890.19341490.16282708X-RAY DIFFRACTION100
3.2089-3.67320.20151540.17832749X-RAY DIFFRACTION100
3.6732-4.62760.22331390.19432792X-RAY DIFFRACTION100
4.6276-57.56940.26081260.24142932X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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