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- PDB-6h1h: Crystal structure of human Pirin in complex with compound 7 (PLX4720) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h1h
タイトルCrystal structure of human Pirin in complex with compound 7 (PLX4720)
要素Pirin
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional coregulator / Quercetin 2 / 3-dioxygenase / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Digestion / quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / monocyte differentiation / digestion / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / nucleoplasm / nucleus ...Digestion / quercetin 2,3-dioxygenase / quercetin 2,3-dioxygenase activity / monocyte differentiation / digestion / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-FJE / Pirin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Ali, S. / Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC309/A11566 英国
Cancer Research UKC2739/A22897 英国
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2018
タイトル: Privileged Structures and Polypharmacology within and between Protein Families.
著者: Meyers, J. / Chessum, N.E.A. / Ali, S. / Mok, N.Y. / Wilding, B. / Pasqua, A.E. / Rowlands, M. / Tucker, M.J. / Evans, L.E. / Rye, C.S. / O'Fee, L. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Carter, M. / ...著者: Meyers, J. / Chessum, N.E.A. / Ali, S. / Mok, N.Y. / Wilding, B. / Pasqua, A.E. / Rowlands, M. / Tucker, M.J. / Evans, L.E. / Rye, C.S. / O'Fee, L. / Le Bihan, Y.V. / Burke, R. / Carter, M. / Workman, P. / Blagg, J. / Brown, N. / van Montfort, R.L.M. / Jones, K. / Cheeseman, M.D.
履歴
登録2018年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pirin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2068
ポリマ－32,4421
非ポリマー7647
水6,287349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.300, 67.408, 107.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pirin / Probable quercetin 2 / 3-dioxygenase PIR / Probable quercetinase


分子量: 32441.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O00625, quercetin 2,3-dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 356分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-FJE / [3-azanyl-2,6-bis(fluoranyl)phenyl]-(5-chloranyl-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)methanone


分子量: 307.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8ClF2N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 % / 解説: Needle-shaped crystal
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 microliter of protein 50 mg/mL and 1 microliter of reservoir solution containing 0.1 M HEPES (pH 7.5), 8 % ethylene glycol, 20 % (w/v) PEG 8,000, placed over 200 microliters of reservoir solution

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→42.3 Å / Num. obs: 46420 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 20.04 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.367 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2277 / CC1/2: 0.344 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JCT

5jct


解像度: 1.54→34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU R Cruickshank DPI: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.073 / SU Rfree Blow DPI: 0.072 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.068
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2337 5.04 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.16 46353 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2549 Å20 Å20 Å2
2---1.1228 Å20 Å2
3----0.1321 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.54→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2202 0 48 350 2600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012384HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.053239HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d811SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes453HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2384HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.31
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion296SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies28HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2898SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.55 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 -6.25 %
Rwork0.228 870 -
all0.228 928 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98531.548-0.00582.5694-0.47181.4334-0.08410.3326-0.0441-0.2770.14910.01980.11610.137-0.0651-0.0353-0.0277-0.00280.00710.0048-0.07311.460969.41933.2068
21.25650.02850.28730.81490.14140.5569-0.06030.0690.0084-0.02460.0637-0.054-0.0430.0351-0.0033-0.0497-0.0048-0.0036-0.0137-0.0001-0.026216.554580.541213.0057
32.4098-1.33181.49561.8452-0.43390.8262-0.0654-0.22320.06550.13420.0338-0.0525-0.0202-0.16580.03170.0290.0117-0.00870.0524-0.0083-0.004210.125183.891323.853
40.6326-0.79740.69883.2256-0.42180.5789-0.0266-0.05-0.0670.3694-0.0135-0.0440.0526-0.07230.0401-0.00020.0006-0.0036-0.05480.0265-0.056912.640667.408227.1878
51.2007-0.0976-0.09931.7519-0.13711.4446-0.00790.052-0.1701-0.02410.08680.09960.2628-0.1268-0.07880.0125-0.023-0.0074-0.0370.00520.00347.720759.425915.1863
60.8251-0.09440.1120-0.10930.7638-0.04750.0116-0.14360.00750.06850.11220.0974-0.0392-0.021-0.084-0.0193-0.0016-0.0446-0.0084-0.04965.976572.788213.0901
74.8689-0.7334-0.3010.73980.12760.9166-0.21430.03460.5442-0.10450.1207-0.2173-0.19220.03030.09360.037-0.0072-0.0591-0.03820.02180.074611.390398.00111.6312
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|4 - 26}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|27 - 119}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|120 - 138}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|139 - 168}
5X-RAY DIFFRACTION5{A|169 - 229}
6X-RAY DIFFRACTION6{A|230 - 260}
7X-RAY DIFFRACTION7{A|261 - 290}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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