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Yorodumi- PDB-6gxw: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with an ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gxw | |||||||||
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Title | Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 complexed with an hydroxamate 4 | |||||||||
Components | Histone deacetylase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Epigenetics / Histone deacetylase / HDAC8 / Selective inhibitor / Pathogen | |||||||||
Function / homology | Function and homology information histone deacetylase / histone deacetylase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Schistosoma mansoni (invertebrata) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.071 Å | |||||||||
Authors | Shaik, T.B. / Marek, M. / Romier, C. | |||||||||
Funding support | France, 2items
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Citation | Journal: ChemMedChem / Year: 2018 Title: Synthesis, Crystallization Studies, and in vitro Characterization of Cinnamic Acid Derivatives as SmHDAC8 Inhibitors for the Treatment of Schistosomiasis. Authors: Bayer, T. / Chakrabarti, A. / Lancelot, J. / Shaik, T.B. / Hausmann, K. / Melesina, J. / Schmidtkunz, K. / Marek, M. / Erdmann, F. / Schmidt, M. / Robaa, D. / Romier, C. / Pierce, R.J. / Jung, M. / Sippl, W. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gxw.cif.gz | 655.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gxw.ent.gz | 539.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gxw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gxw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6gx3C 6gxaC 6gxuC 4bz5S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 50583.027 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schistosoma mansoni (invertebrata) / Gene: HDAC8 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A5H660, histone deacetylase |
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-Non-polymers , 6 types, 783 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-K / #4: Chemical | ChemComp-FGN / (~{ #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2 M NA,K L-TARTRATE, 21% (W/V) PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.006365 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 21, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.006365 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.071→49 Å / Num. obs: 103961 / % possible obs: 94.26 % / Redundancy: 3.5 % / Net I/σ(I): 6.03 |
Reflection shell | Resolution: 2.046→2.071 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BZ5 Resolution: 2.071→48.128 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / Phase error: 26.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.071→48.128 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | S33: 0 Å ° / Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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