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万見
- PDB-6gvd: Alpha-galactosidase from Thermotoga maritima in complex with cycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gvd
タイトルAlpha-galactosidase from Thermotoga maritima in complex with cyclohexene-based carbasugar mimic of galactose
要素Alpha-galactosidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / galactosidase / carbohydrate processing enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycoside catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2760 / Melibiase / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Immunoglobulin-like - #2760 / Melibiase / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FDK / Alpha-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Gloster, T.M. / Pengelly, R.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Revealing the mechanism for covalent inhibition of glycoside hydrolases by carbasugars at an atomic level.
著者: Ren, W. / Pengelly, R. / Farren-Dai, M. / Shamsi Kazem Abadi, S. / Oehler, V. / Akintola, O. / Draper, J. / Meanwell, M. / Chakladar, S. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Britton, R. / Gloster, T.M. / Bennet, A.J.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6397
ポリマ－66,1981
非ポリマー4416
水13,763764
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.957, 96.135, 97.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-galactosidase / Melibiase


分子量: 66198.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Electron density at the N- and C-terminus was disordered and could not be modelled in the structure.
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
遺伝子: galA, TM_1192, Tmari_1199
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: G4FEF4, alpha-galactosidase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FDK / (1~{S},2~{S},3~{S},4~{S})-5-(hydroxymethyl)cyclohex-5-ene-1,2,3,4-tetrol / MK-7607


分子量: 176.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M MgSO4, 20% (w/v) poly(ethylene glycol) (PEG) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→68.59 Å / Num. obs: 185329 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.22→1.25 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 12780 / CC1/2: 0.497 / Rpim(I) all: 0.506 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M0X

5m0x


解像度: 1.22→68.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.893 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18789 8840 4.8 %RANDOM
Rwork0.14913 ---
obs0.15097 173911 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.22→68.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4281 0 25 764 5070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0144691
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0174232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.6566428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.991.6379976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2655610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17922.706255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2915827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0391528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.91.2012224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8471.1992223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3321.8112804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3321.8132805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1671.5772467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1661.5772468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5482.213587
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.24316.1645409
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.24316.1635410
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr10.16638923
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.7165527
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded21.24759051
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 650 -
Rwork0.317 11723 -
obs--90.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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