PDB-1zy9: Crystal structure of Alpha-galactosidase (EC 3.2.1.22) (Melibiase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1zy9

タイトル

Crystal structure of Alpha-galactosidase (EC 3.2.1.22) (Melibiase) (tm1192) from Thermotoga maritima at 2.34 A resolution

要素

alpha-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / tm1192 / Alpha-galactosidase (EC 3.2.1.22) (Melibiase) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-galactosidase / alpha-galactosidase activity / glycoside catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of alpha-galactosidase (ec 3.2.1.22) (melibiase) (tm1192) from Thermotoga maritima at 2.34 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1zy9.cif.gz	127.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1zy9.ent.gz	96.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1zy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1zy9_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1zy9_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	1zy9_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	1zy9_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6gvd-d 4mp2-d 2wlr-d 4mpn-d 3vlu-d 4mp7-d 4bjk-3 4zlt-2 3gw9-2 2w7e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 283057

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: alpha-galactosidase

ヘテロ分子

66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.729, 160.533, 88.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	alpha-galactosidase 分子量: 65667.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: tm1192 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O33835, UniProt: G4FEF4*PLUS, alpha-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.58 %
結晶化	温度: 273 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8.3 詳細: 0.2M K3Cirtrate, 20.0% PEG-3350, No Buffer, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 273K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979413, 0.918370, 0.979170

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月1日
詳細: Flat mirror, Side-defelecting monochromator (Si 111)

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979413	1
2	0.91837	1
3	0.97917	1

反射

解像度: 2.34→42.88 Å / Num. obs: 35967 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.129 / R_sym value: 0.129 / Net I/σ(I): 5.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
2.34-2.47	99.4	3.7	0.603	1.3	5288	0.603
2.47-2.62	99.1	3.7	0.472	1.6	4966	0.472
2.62-2.8	98.9	3.7	0.356	2.1	4708	0.356
2.8-3.02	98.6	3.7	0.238	3.2	4327	0.238
3.02-3.31	98.2	3.7	0.151	5	3991	0.151
3.31-3.7	97.7	3.7	0.097	7.8	3621	0.097
3.7-4.27	96.6	3.7	0.072	9.8	3153	0.072
4.27-5.23	96	3.7	0.058	12.2	2670	0.058
5.23-7.4	95.5	3.7	0.062	11.5	2074	0.062
7.4-42.88	93.9	3.6	0.042	13.6	1169	0.042

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
XDS		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.34→42.504 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 5.837 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.187
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE DENSITY BLOB BETWEEN SIDE CHAINS OF A220,A387 IS TENATIVELY MODELED AS A GLYCEROL.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	1792	5 %	RANDOM
R_work	0.162	-	-	-
all	0.165	-	-	-
obs	-	34093	97.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→42.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4232	0	22	244	4498

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	4397
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.955	5970
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.812	3	9198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.102	5	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.948	24.258	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.633	15	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.758	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	919
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.108	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.175	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.137	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.588	3	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.508	3	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.324	5	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.917	8	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.69	11	1682

LS精密化シェル

解像度: 2.34→2.401 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	123	-
R_work	0.236	2559	-
obs	-	-	99.3 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)