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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gkl
タイトルTranslation initiation factor 4E in complex with beta-phosphorothioate trinucleotide mRNA 5' cap diastereomer 2 (m7GppSpApG D2)
要素Eukaryotic translation initiation factor 4E
キーワードTRANSLATION / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / mRNA 5' cap / m7GppSpApG / phosphorothioate / thiophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / ISG15 antiviral mechanism / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / mRNA cap binding / RNA 7-methylguanosine cap binding / RISC complex / nuclear export / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / cellular response to dexamethasone stimulus / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / translational initiation / P-body / G1/S transition of mitotic cell cycle / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / nuclear body / translation / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G0Z / Eukaryotic translation initiation factor 4E
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Warminski, M. / Nowak, E. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
DI2012 024842 ポーランド
ETIUDA 2017/24/T/NZ1/00345 ポーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Translation initiation factor 4E in complex with beta-phosphorothioate trinucleotide mRNA 5' cap diastereomer 2 (m7GppSpApG D2)
著者: Warminski, M. / Nowak, E. / Kubacka, D. / Kowalska, J. / Nowotny, M. / Jemielity, J.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年10月23日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,30810
ポリマ－88,5804
非ポリマー4,7276
水3,423190
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3733
ポリマ－22,1451
非ポリマー1,2282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3733
ポリマ－22,1451
非ポリマー1,2282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2812
ポリマ－22,1451
非ポリマー1,1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2812
ポリマ－22,1451
非ポリマー1,1361
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.170, 38.180, 147.020
Angle α, β, γ (deg.)88.80, 84.67, 76.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit


分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物
ChemComp-G0Z / [[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-azanyl-4,5-dihydropurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-sulfanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate


分子量: 1135.736 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C31H45N15O22P4S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.39 % / 解説: thin plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 16% PEG 10000, 0.1M TrisHCl pH 8.0, 0.2M CH3COONH4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.8 Å / Num. obs: 39200 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.478 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 6.35
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 1.918 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 2365 / CC1/2: 0.654 / Rrim(I) all: 0.555 / % possible all: 75.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M7X

5m7x


解像度: 2.2→48.795 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 1445 3.69 %
Rwork0.2181 --
obs0.2195 39196 96.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.795 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5525 0 175 190 5890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9518050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1413377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061012
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.27860.30411160.27573032X-RAY DIFFRACTION76
2.2786-2.36990.31631470.25393858X-RAY DIFFRACTION97
2.3699-2.47770.28891490.2583874X-RAY DIFFRACTION99
2.4777-2.60830.29841480.24393880X-RAY DIFFRACTION99
2.6083-2.77170.27371470.23863837X-RAY DIFFRACTION98
2.7717-2.98570.26781490.23143901X-RAY DIFFRACTION99
2.9857-3.28610.28481480.22113861X-RAY DIFFRACTION99
3.2861-3.76150.22341470.20163846X-RAY DIFFRACTION98
3.7615-4.73850.24811500.19053909X-RAY DIFFRACTION99
4.7385-48.80690.23151440.21033753X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.77141.26873.98565.66811.61134.3773-0.29120.56250.41580.17630.3815-1.0303-0.32670.962-0.18450.2362-0.02610.04230.4061-0.08580.5997-45.702277.6725-0.6678
29.3928-1.29711.58591.2978-0.32630.99020.319-0.5472-0.07970.0241-0.15070.27920.0807-0.1515-0.15990.2126-0.0020.0620.1933-0.0230.3586-71.542770.936-6.2989
32.33530.02572.30633.13570.1274.7420.0699-0.4087-0.14380.16930.0380.04540.201-0.1395-0.09460.1706-0.00390.06140.2244-0.00540.3587-61.112465.7658-2.5806
43.2441.3145.16476.6052.67958.2969-0.46280.10880.6924-0.80560.4020.3353-0.2602-0.00180.11720.3713-0.06370.07530.36320.05340.3052-67.121177.1992-17.8046
52.9685-1.79742.63032.0308-1.46912.38490.31520.1264-0.7498-0.295-0.1388-0.06070.25070.463-0.16970.3194-0.0910.11250.2743-0.06560.4183-63.428654.0673-15.0547
62.3246-1.29652.17092.1715-0.52793.3343-0.2724-0.02270.0522-0.36740.2163-0.4827-0.05470.25610.07810.2275-0.03730.11950.2657-0.08370.402-55.124366.5191-13.7949
74.8819-0.5222-0.00165.2835-1.98188.3837-0.30370.2343-0.2956-0.89590.1003-0.24390.0117-0.27860.19150.2919-0.04640.09850.267-0.10720.3782-64.520165.5267-19.496
84.2228-2.84550.37043.8935-0.70962.6178-0.14140.1367-0.0909-0.90970.2252-0.40610.49960.0768-0.04650.4056-0.05080.20060.2326-0.07710.329-56.98162.7332-24.1103
95.0185-4.2472-4.22858.178-0.63587.4430.78221.2804-0.1288-1.4773-0.3141-0.1743-0.2162-0.8778-0.34930.63290.07450.05150.5642-0.19830.4978-64.650963.9178-30.0938
108.928-2.2177-4.10511.063-0.49128.85720.43740.19850.4418-0.0395-0.397-0.579-1.27290.36330.00440.3738-0.07470.03650.3877-0.02290.4488-29.050362.8148-61.3131
110.1335-0.0198-0.30165.1547-2.46421.8534-0.0576-0.00220.1246-0.49490.11450.24920.3317-0.0985-0.0630.2619-0.04290.06770.2132-0.0350.3556-44.897536.9528-53.7054
126.99796.3917-5.55995.9175-5.39495.5674-0.15030.3804-0.4667-0.07740.0079-0.1435-0.1601-0.05010.11150.25380.06850.00540.2798-0.20480.4395-39.472240.3779-56.5435
133.6297-1.46341.30653.2313-1.18565.6055-0.09620.0028-0.16460.06350.05680.14230.11490.12130.04420.210.01030.09790.167-0.04180.2648-42.229346.9461-53.4317
141.93480.77542.31240.9783-0.11964.4505-0.1401-0.15330.0445-0.27930.10120.4079-0.3415-0.27790.03560.4122-0.00080.12360.3168-0.07220.5824-56.959750.6892-45.9525
156.2267-0.38712.53322.7353-0.39515.8410.0527-0.16350.08930.117-0.08830.0727-0.17350.07940.08670.2238-0.01680.10630.1386-0.03710.3469-43.664255.1726-47.497
164.7774-1.677-0.02462.62010.55654.4979-0.1084-0.52230.00660.73320.09780.44680.2456-0.2095-0.02190.40970.00360.16270.281-0.02550.3381-47.540751.6744-37.5866
174.01-3.58415.21193.6008-4.72637.00730.451.09030.0725-0.8869-0.668-0.02390.86190.50850.14520.36520.11520.0350.6375-0.06820.2851-49.383147.1964-70.7854
184.9919-0.11051.41476.3558-2.99486.2972-0.06490.34761.92650.49310.24160.2043-1.0295-0.2733-0.23860.3880.04860.15140.71370.33190.9883-62.861271.6753-77.5925
195.0762-0.18870.11678.0655-2.15785.84790.13260.36380.74530.69020.09780.1378-0.38960.3987-0.18710.22080.00110.0630.3849-0.04260.3288-58.803959.3141-71.5801
200.84391.18721.08594.2846-0.54923.01930.41450.94111.5514-0.03070.13390.5043-0.2916-0.5219-0.46960.27530.10320.08710.71910.23380.5426-67.934363.7487-75.538
211.46030.19292.04112.09761.12343.20240.28351.74710.7485-0.67480.5453-0.0507-1.18220.5160.14960.6164-0.02740.11151.52480.56690.7082-54.852167.8329-87.7599
220.0443-0.39380.01673.8828-0.17290.0043-0.16980.01130.10150.0817-0.06370.9376-0.05860.0531-0.2879-0.16240.0874-0.00011.75210.13580.4706-77.127458.6605-84.6103
233.41061.829-0.95845.0199-1.1345.99710.21471.8975-0.71520.0020.1150.19611.233-0.4937-0.050.33710.0236-0.00520.7512-0.10260.2708-65.018552.4091-81.1488
241.3059-0.58050.79813.327-0.34752.98210.26511.15510.2514-0.8026-0.19720.1113-0.25440.4808-0.27650.27930.333-0.19941.61450.4379-0.1328-63.14560.7341-88.1388
250.7420.24691.661.60830.45693.7020.04130.4296-0.1757-0.29530.0170.07920.6177-0.1933-0.09880.53410.2088-0.20031.9336-0.30830.0982-63.421350.5895-93.6071
263.0306-0.3508-1.26440.04220.0993.7799-0.17691.80680.3053-0.0840.13340.24450.29010.17390.01430.5212-0.05320.12972.1061-0.17430.426-70.283158.1497-95.1456
270.5720.1048-0.99684.3818-2.89023.42760.22831.01180.343-0.5296-0.15060.28511.3269-0.256-0.0320.828-0.1846-0.22051.80840.29150.4839-67.806761.1503-99.8624
286.2846-1.14853.51413.3187-4.66727.31810.2909-0.5936-0.15710.80740.1628-0.8522-0.4618-0.5234-0.2910.65260.0613-0.06830.294-0.03770.354-63.875962.336910.4046
292.1285-2.85330.40174.3755-1.98793.80850.0852-0.2238-1.06560.8366-0.0112-1.08510.43571.07520.09360.71190.1377-0.39180.5318-0.02381.0327-44.444943.564216.5527
304.1915-2.22290.20091.9543-1.53632.69240.33460.3462-0.15110.2091-0.1896-0.88990.3211-0.0496-0.13520.4114-0.0198-0.15840.223-0.01520.5579-54.984946.396210.6916
312.41642.3342.342.26512.31313.7010.1104-0.1149-0.25850.4502-0.1269-1.9734-0.51640.8702-0.20870.8422-0.1116-0.46890.50780.04720.7863-48.568550.016820.9065
321.6595-0.20910.16020.02470.01530.4919-0.1361-0.1182-0.28880.6155-0.0175-0.23450.13640.0857-0.23431.2775-0.2317-0.37850.4330.13940.5072-56.90337.97525.7228
339.20130.29451.45753.86831.34436.32640.5974-0.1385-0.50711.4382-0.29290.4975-0.6254-0.2914-0.27520.7726-0.0473-0.04090.30110.03240.2821-63.386446.387120.2605
341.95280.96160.32810.5982-0.80548.12640.6399-0.2634-0.26180.278-0.1947-0.285-0.7002-0.33580.52141.0551-0.238-0.42850.40210.08210.4034-57.186450.782626.3615
355.2012-1.29240.55281.26-1.82243.06480.1538-0.3353-0.57440.4195-0.28770.1246-0.44680.3094-0.33021.2349-0.0305-0.35650.44830.13450.392-53.634843.307828.3047
362.7188-3.8859-3.08217.1737.48629.38780.10950.11790.04550.79820.27130.2803-0.66210.2243-0.10421.2722-0.29730.10070.4227-0.00820.3686-64.981948.734232.009
370.4332-0.76930.11371.80120.60461.52730.477-0.8905-0.41450.9204-0.2947-0.7288-0.46770.1695-0.1791.4225-0.3842-0.32630.58890.09020.5888-59.626640.047234.1066
383.3704-0.10633.06110.65350.02582.88490.0542-0.7103-0.09530.45720.0654-0.272-0.2457-0.8109-0.11621.2426-0.3307-0.32470.74120.03070.3466-55.076841.27838.6083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 42 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 66 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 95 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 96 through 110 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 125 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 126 through 155 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 172 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 173 through 204 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 205 through 217 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 28 through 42 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 43 through 56 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 57 through 66 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 67 through 110 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 111 through 125 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 126 through 156 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 157 through 217 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 31 through 42 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 43 through 56 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 57 through 78 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 79 through 95 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 96 through 110 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 111 through 125 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 126 through 142 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 143 through 172 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 173 through 187 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 188 through 203 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 204 through 217 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 32 through 42 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 43 through 56 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 57 through 88 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 89 through 104 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 105 through 125 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 126 through 142 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 143 through 156 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 157 through 172 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 173 through 187 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 188 through 203 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 204 through 217 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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