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万見
- PDB-6ggh: Human jak1 kinase domain in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ggh
タイトルHuman jak1 kinase domain in complex with inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase JAK1
キーワードTRANSFERASE / Janus Kinase 1 kinase domain (JAK1)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / type III interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway ...protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / type III interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / Interleukin-12 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / growth hormone receptor binding / Interleukin-2 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Other interleukin signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-6 signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / interleukin-6-mediated signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / positive regulation of sprouting angiogenesis / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Interleukin-7 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to virus / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / positive regulation of protein localization to nucleus / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein phosphatase binding / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / protein phosphorylation / receptor complex / endosome / intracellular signal transduction / response to antibiotic / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP binding / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EYQ / Tyrosine-protein kinase JAK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Read, J.A. / Augustin, M. / Lammens, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibition of local lung inflammation by a potent and selective JAK1 inhibitor; activation of JAK1, but not JAK3, is critical to IL-4R mediated immune cell signalling
著者: Nilsson, M.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3624
ポリマ－67,4392
非ポリマー9232
水6,233346
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1812
ポリマ－33,7191
非ポリマー4621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1812
ポリマ－33,7191
非ポリマー4621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.987, 170.327, 45.026
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK1 / Janus kinase 1 / JAK-1


分子量: 33719.430 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23458, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-EYQ / ~{N}-[5-methyl-4-[7-[[(2~{R})-2-(4-methylpiperazin-1-yl)propanoyl]amino]-1~{H}-indol-3-yl]pyrimidin-2-yl]cyclopropanecarboxamide


分子量: 461.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H31N7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 27% (m/v) PEG6000, 0.1 M MES/NaOH pH 6.0 and 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→85.16 Å / Num. obs: 68097 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.94
反射 シェル解像度: 1.7→1.95 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EYG

3eyg


解像度: 1.7→85.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 7.507 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26186 3160 4.6 %RANDOM
Rwork0.18879 ---
obs0.19229 64937 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.544 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8 Å20 Å2-0.64 Å2
2--2.3 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→85.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4617 0 68 346 5031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.024798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2972.0026497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.81538158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6935579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.61824.306209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45115847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.291527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.05338160
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.0315129
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.75458272
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 239 -
Rwork0.283 4550 -
obs--91.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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