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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g7f | ||||||
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タイトル | Yeast 20S proteasome in complex with Cystargolide B | ||||||
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![]() | HYDROLASE / Proteasome / Inhibitor / Beta Lactone / Natural Product / Binding Analysis | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Groll, M. / Tello-Aburto, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Design, synthesis, and evaluation of cystargolide-based beta-lactones as potent proteasome inhibitors. 著者: Niroula, D. / Hallada, L.P. / Le Chapelain, C. / Ganegamage, S.K. / Dotson, D. / Rogelj, S. / Groll, M. / Tello-Aburto, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 201.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 278.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 FT
#6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb
#8: タンパク質 | 分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PRE2, DOA3, PRG1, YPR103W, P8283.10 / 発現宿主: ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex |
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-非ポリマー , 4種, 470分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EPW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EPW.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 化合物 | #17: 化合物 | ChemComp-EPW / #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 20 MM MGAC2, 13% MPD, PH 6.8 / PH範囲: 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 278843 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 10.88 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CZ4 解像度: 2.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 34.408 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.265 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 76.987 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
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拘束条件 |
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