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万見
- PDB-6fcf: CHK1 KINASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 44 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fcf
タイトルCHK1 KINASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 44
要素Serine/threonine-protein kinase Chk1
キーワードTRANSFERASE / INHIBITOR / COMPLEX / CHK1 / KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of G0 to G1 transition / histone H3T11 kinase activity / regulation of mitotic centrosome separation / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 ...negative regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of G0 to G1 transition / histone H3T11 kinase activity / regulation of mitotic centrosome separation / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of gene expression, epigenetic / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / replicative senescence / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Activation of ATR in response to replication stress / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / DNA damage checkpoint signaling / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of cell cycle / replication fork / regulation of signal transduction by p53 class mediator / condensed nuclear chromosome / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / protein kinase activity / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / chromatin remodeling / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / chromatin / protein-containing complex / : / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D58 / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Read, J.A. / Breed, J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Adventures in Scaffold Morphing: Discovery of Fused Ring Heterocyclic Checkpoint Kinase 1 (CHK1) Inhibitors.
著者: Yang, B. / Vasbinder, M.M. / Hird, A.W. / Su, Q. / Wang, H. / Yu, Y. / Toader, D. / Lyne, P.D. / Read, J.A. / Breed, J. / Ioannidis, S. / Deng, C. / Grondine, M. / DeGrace, N. / Whitston, D. ...著者: Yang, B. / Vasbinder, M.M. / Hird, A.W. / Su, Q. / Wang, H. / Yu, Y. / Toader, D. / Lyne, P.D. / Read, J.A. / Breed, J. / Ioannidis, S. / Deng, C. / Grondine, M. / DeGrace, N. / Whitston, D. / Brassil, P. / Janetka, J.W.
履歴
登録2017年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3673
ポリマ－31,9051
非ポリマー4632
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.171, 65.469, 59.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Chk1 / CHK1 checkpoint homolog / Cell cycle checkpoint kinase / Checkpoint kinase-1


分子量: 31904.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHEK1, CHK1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-D58 / 4-[[(2~{R},3~{S})-2-methylpiperidin-3-yl]amino]-2-phenyl-thieno[3,2-c]pyridine-7-carboxamide


分子量: 366.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% Peg8k, 0.1M Caco pH 6.8, 0.15M AS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→59 Å / Num. obs: 25883 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 20.39 Å2 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoBUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→14.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.134
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1298 5.02 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.201 25838 93.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2362 Å20 Å2-0.1786 Å2
2---0.1929 Å20 Å2
3---0.4291 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2047 0 45 321 2413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012167HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12936HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d761SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes310HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2167HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion266SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2653SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 109 4.38 %
Rwork0.311 2378 -
all0.311 2487 -
obs--80.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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