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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6et8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AlbA in complex with albicidin | ||||||
要素 | Albicidin resistance protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / albicidin / AlbA | ||||||
機能・相同性 | TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / albicidin / Albicidin resistance protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella oxytoca (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Driller, R. / Rostock, L. / Alings, C. / Graetz, S. / Suessmuth, R. / Mainz, A. / Wahl, M.C. / Loll, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Molecular insights into antibiotic resistance - how a binding protein traps albicidin. 著者: Rostock, L. / Driller, R. / Gratz, S. / Kerwat, D. / von Eckardstein, L. / Petras, D. / Kunert, M. / Alings, C. / Schmitt, F.J. / Friedrich, T. / Wahl, M.C. / Loll, B. / Mainz, A. / Sussmuth, R.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6et8.cif.gz | 207.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6et8.ent.gz | 176.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6et8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/6et8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/6et8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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実験データセット #1 | データ参照: 10.18430/m36et8 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26581.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: First residues is an artefact of the tag sequence. SeMet-labelled protein has been crystallised. 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: albA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KRS7 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 2.0 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月9日 |
放射 | モノクロメーター: SI111-DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 113199 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 16.53 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 13.62 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / Num. unique all: 8420 / CC1/2: 0.669 / Rrim(I) all: 1.796 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→42.048 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.59
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.048 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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