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- PDB-6eng: Crystal structure of the 43K ATPase domain of Escherichia coli gy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eng
タイトルCrystal structure of the 43K ATPase domain of Escherichia coli gyrase B in complex with an aminocoumarin
要素DNA gyrase subunit B
キーワードISOMERASE / TOPOISOMERASE / GYRASE B-AMINOCOUMARIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coumermycin A1 / : / PHOSPHATE ION / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vanden Broeck, A. / McEwen, A.G. / Lamour, V.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
French National Research AgencyANR-10-LABX-0030-INRT フランス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for DNA Gyrase Interaction with Coumermycin A1.
著者: Vanden Broeck, A. / McEwen, A.G. / Chebaro, Y. / Potier, N. / Lamour, V.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,46915
ポリマ－87,4792
非ポリマー1,99013
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area35700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.830, 128.070, 159.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B / Type IIA topoisomerase subunit GyrB


分子量: 43739.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FRAGMENT: 43K ATPASE DOMAIN / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: gyrB, acrB, cou, himB, hisU, nalC, parA, pcbA, b3699, JW5625
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AES6, EC: 5.99.1.3

-
非ポリマー , 7種, 403分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-BHW / Coumermycin A1


分子量: 1110.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H59N5O20
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 22% PEG 3350, 0.2M NaH2PO4, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月7日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.67 Å / Num. obs: 43688 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.258 % / Biso Wilson estimate: 59.18 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.435.2311.2630.9861540.6981.40486.5
2.43-2.66.3710.7141.966250.9080.77798.7
2.6-2.816.6790.4643.1262650.9580.50399.3
2.81-3.086.6040.2885.2257340.9820.31299.5
3.08-3.446.4070.15810.0352590.9930.17299.6
3.44-3.976.4420.11716.9746620.9920.12899.6
3.97-4.856.2730.08523.3739750.9950.09399.8
4.85-6.836.3150.07424.4231550.9970.08199.6
6.83-33.675.7490.03833.4218590.9990.04299.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EI1

1ei1


解像度: 2.3→33.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9387 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9105 / SU R Cruickshank DPI: 0.276 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.294 / SU Rfree Blow DPI: 0.231 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.228
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2568 2180 5 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.2025 43589 97.73 %-
原子変位パラメータBiso max: 200.89 Å2 / Biso mean: 65.03 Å2 / Biso min: 32.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.2642 Å20 Å20 Å2
2---1.5311 Å20 Å2
3----14.7331 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.341 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→33.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5821 0 124 390 6335
Biso mean--75.52 61.08 -
残基数----750
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2203SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes164HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes959HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6130HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion791SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7102SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6130HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8306HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.88
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 130 5 %
Rwork0.2497 2471 -
all0.2508 2601 -
obs--80.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5681.5221-2.81843.42812.16412.90720.0229-0.03970.2866-0.00660.10530.0965-0.24430.0588-0.1283-0.0736-0.00350.04930.0547-0.0760.0628-7.321623.2212.3613
23.09750.64112.13983.93470.05673.0846-0.0357-0.0669-0.0184-0.28650.0877-0.2483-0.142-0.0539-0.0519-0.1454-0.02830.04590.04850.04240.00430.48538.0796-8.4818
30.32350.3934-0.27394.1705-0.16780.8227-0.03130.13570.3612-0.12650.15490.5196-0.3243-0.1545-0.1236-0.15670.0039-0.03420.08830.08510.063-9.459718.969-11.842
45.1296-0.02890.00854.4306-1.42160.4149-0.24680.44950.5337-0.45430.1461-0.5403-0.38560.37080.1008-0.1714-0.110.0386-0.09660.0882-0.00784.631319.59-13.2318
51.1716-1.3777-1.37195.6464-0.66112.3779-0.0957-0.11190.05250.057-0.1381-0.54260.103-0.06820.2338-0.21190.04960.05540.05470.07580.03935.00590.147-4.2675
64.62992.60162.67354.2584-0.52547.2838-0.0514-0.07590.1139-0.00370.1172-0.18530.53060.1651-0.0658-0.11450.00760.0145-0.0357-0.0148-0.08-8.9082-15.607-2.479
70.0350.55780.03024.09990.62791.21970.1496-0.18370.49930.2297-0.18710.08340.1194-0.21540.0375-0.1609-0.00790.04950.07340.02920.0194-11.6476-6.52684.7519
80.9712.7443-0.80151.61650.08310.5410.0030.01810.1260.27020.08120.08250.54-0.5334-0.0842-0.0042-0.152-0.0012-0.07590.07920.1434-23.217-20.10972.9084
95.021-0.7358-0.73461.556-0.1732.76590.0205-0.00760.1550.2792-0.06930.10180.2589-0.07530.0488-0.1718-0.06970.0108-0.0554-0.07020.0755-14.5288-10.59551.1911
101.8462-2.849-0.77772.60820.20771.09860.0609-0.03740.0926-0.0049-0.0730.2208-0.1736-0.11010.0121-0.18220.02310.03750.0360.1010.2848-20.1245.14341.4734
113.4405-0.20630.1180.0512-0.95723.4084-0.01350.27380.3414-0.21130.14480.24960.5433-0.5368-0.1314-0.1225-0.152-0.10370.01270.1103-0.0315-21.4562-16.5632-5.8636
120-0.2841.04430.572-2.90790.1438-0.0145-0.2647-0.0164-0.04560.07060.06810.0426-0.0665-0.0561-0.0689-0.1516-0.12070.00620.05840.0281-17.3357-27.786516.4587
131.0861.5618-2.87622.8216-0.60262.12930.0170.12830.1209-0.0626-0.0433-0.0028-0.16820.00060.0263-0.049-0.1520.03190.30280.1319-0.2888-17.449124.3115-57.7791
142.32790.9556-2.0174.09562.44571.987-0.05710.31420.08680.33760.06490.3125-0.03640.5276-0.0078-0.2198-0.02420.05820.1321-0.017-0.1012-24.859510.6959-45.2508
151.7572.91040.67936.63-2.61090.047-0.03890.11970.2064-0.00830.1674-0.3216-0.16850.3813-0.1286-0.2175-0.1520.08030.2676-0.1009-0.1313-14.486121.3507-41.4066
166.8680.46710.93094.5962.11182.2253-0.2387-0.06490.52550.29720.17940.5437-0.5360.29860.0593-0.197-0.07310.0857-0.1451-0.0281-0.013-28.500722.2913-40.6733
172.4296-0.01240.68436.8131.60643.1241-0.05060.02820.01680.0543-0.22890.30010.31530.16560.2795-0.2547-0.02360.07840.0648-0.0570.0119-29.1982.7016-49.5582
183.9166-0.985-0.40815.89091.79963.4147-0.1019-0.10010.17130.28090.1622-0.1060.4952-0.2382-0.0603-0.16540.0079-0.01330.0069-0.037-0.0354-15.0369-13.1323-51.1472
190.003-0.12270.06733.15-2.14781.5790.1344-0.00130.5203-0.322-0.12030.09990.22870.1713-0.0141-0.2194-0.05060.0190.0778-0.09380.1765-12.3919-4.0056-58.4981
202.3676-2.31710.30320.5141.298700.1372-0.31330.2334-0.02750.1853-0.05490.52750.5307-0.3225-0.12130.1426-0.0406-0.0419-0.15020.152-0.9281-16.5207-56.2758
210.96140.9158-0.66190.3929-0.056800.00910.04310.00750.03310.0091-0.0356-0.1599-0.0722-0.0181-0.10060.0912-0.03880.11640.05220.18491.094-21.2778-65.0233
221.1018-2.8207-1.69290.5260.33363.48610.0668-0.16380.1161-0.2154-0.05120.06260.09110.107-0.0157-0.29740.00590.0084-0.0352-0.06440.0233-10.1835-6.6092-53.2433
231.9792.8723-0.50252.55730.68630.00060.02780.02050.0719-0.0291-0.0361-0.1719-0.14620.08150.0083-0.2565-0.0473-0.0136-0.0374-0.1520.3005-4.45257.7391-55.3861
242.4233-2.8914-0.39370.72251.16471.0554-0.0417-0.27750.26770.14470.1348-0.19910.39730.5353-0.093-0.13830.1467-0.1520.0613-0.15190.0177-2.5214-13.7321-47.6421
252.0018-1.11481.38240.26141.27491.23470.070.41380.03370.1573-0.149-0.23490.1847-0.00230.079-0.18210.1520.0014-0.0039-0.00770.1312-6.1431-24.4741-71.6326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|12 - A|31 }A12 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|32 - A|77 }A32 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|78 - A|127 }A78 - 127
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|128 - A|178 }A128 - 178
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|179 - A|219 }A179 - 219
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|220 - A|260 }A220 - 260
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|261 - A|276 }A261 - 276
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|277 - A|304 }A277 - 304
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|315 - A|328 }A315 - 328
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|329 - A|341 }A329 - 341
11X-RAY DIFFRACTION11{ A|342 - A|364 }A342 - 364
12X-RAY DIFFRACTION12{ A|365 - A|392 }A365 - 392
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|15 - B|31 }B15 - 31
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|32 - B|77 }B32 - 77
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|78 - B|127 }B78 - 127
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|128 - B|178 }B128 - 178
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|179 - B|219 }B179 - 219
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|220 - B|260 }B220 - 260
19X-RAY DIFFRACTION19{ B|261 - B|276 }B261 - 276
20X-RAY DIFFRACTION20{ B|277 - B|302 }B277 - 302
21X-RAY DIFFRACTION21{ B|303 - B|316 }B303 - 316
22X-RAY DIFFRACTION22{ B|317 - B|328 }B317 - 328
23X-RAY DIFFRACTION23{ B|329 - B|341 }B329 - 341
24X-RAY DIFFRACTION24{ B|342 - B|364 }B342 - 364
25X-RAY DIFFRACTION25{ B|365 - B|393 }B365 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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