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万見
- PDB-6e9o: E. coli D-galactonate:proton symporter mutant E133Q in the outwar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e9o
タイトルE. coli D-galactonate:proton symporter mutant E133Q in the outward substrate-bound form
要素D-galactonate transport
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MFS Transporter / SLC17 / organic anion transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-galactonic acid / MFS transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Leano, J.B. / Edwards, R.H. / Stroud, R.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH50712 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM24485 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS089713 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM024485-37S1 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019
タイトル: Structures suggest a mechanism for energy coupling by a family of organic anion transporters.
著者: Leano, J.B. / Batarni, S. / Eriksen, J. / Juge, N. / Pak, J.E. / Kimura-Someya, T. / Robles-Colmenares, Y. / Moriyama, Y. / Stroud, R.M. / Edwards, R.H.
履歴
登録2018年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: D-galactonate transport
A: D-galactonate transport
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,3974
ポリマ－101,0052
非ポリマー3922
水362
1
B: D-galactonate transport
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6992
ポリマ－50,5021
非ポリマー1961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: D-galactonate transport
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6992
ポリマ－50,5021
非ポリマー1961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.070, 70.710, 107.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 D-galactonate transport / D-galactonate transporter


分子量: 50502.375 Da / 分子数: 2 / 変異: E133Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dgoT, BN17_36391, HMPREF3040_00185 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7QAK3
#2: 化合物 ChemComp-J0M / D-galactonic acid / D-galactonate / D-ガラクトン酸


分子量: 196.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 100mM glycine pH 9, 32% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→106.23 Å / Num. obs: 20394 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.77 Å / Num. unique obs: 4030 / CC1/2: 0.159 / Rrim(I) all: 5.15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6E9N

6e9n


解像度: 3.501→14.984 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 1843 10 %
Rwork0.2846 --
obs0.2862 18431 91.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.501→14.984 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6138 0 26 2 6166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036342
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.618639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3212119
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037993
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.501-3.59440.4802230.4352236X-RAY DIFFRACTION17
3.5944-3.69860.38671290.42391145X-RAY DIFFRACTION82
3.6986-3.81610.42171460.41341298X-RAY DIFFRACTION96
3.8161-3.95010.38211520.3681364X-RAY DIFFRACTION99
3.9501-4.10510.37581550.34461393X-RAY DIFFRACTION100
4.1051-4.28780.35891520.31431371X-RAY DIFFRACTION100
4.2878-4.5080.3431540.29691388X-RAY DIFFRACTION99
4.508-4.78180.31321520.26621377X-RAY DIFFRACTION100
4.7818-5.13720.35991540.27311383X-RAY DIFFRACTION100
5.1372-5.62910.32471550.29711397X-RAY DIFFRACTION100
5.6291-6.38770.31361580.30541420X-RAY DIFFRACTION100
6.3877-7.85040.2791550.27991391X-RAY DIFFRACTION100
7.8504-14.98440.24461580.25141425X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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