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- PDB-6e4v: The Crystal Structure of FhuE from E. coli in complex with its su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6e4v
タイトルThe Crystal Structure of FhuE from E. coli in complex with its substrate Coprogen
要素FhuE receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TonB-Dependent Transporter / Coprogen / Gram-negative bacteria / outer membrane / Iron Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


: / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent receptor-like / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel ...TonB-dependent receptor-like / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPROGEN / FhuE receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grinter, R. / Lithgow, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106077/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Determination of the molecular basis for coprogen import by Gram-negative bacteria.
著者: Grinter, R. / Lithgow, T.
履歴
登録2018年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / refine / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _refine.pdbx_diffrn_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FhuE receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7577
ポリマ－77,4741
非ポリマー2,2846
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.190, 103.860, 118.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 FhuE receptor / Outer-membrane receptor for Fe(III)-coprogen / Fe(III)-ferrioxamine B and Fe(III)-rhodotrulic acid


分子量: 77473.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 遺伝子: fhuE, b1102, JW1088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 DE3 / 参照: UniProt: P16869
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-HWS / COPROGEN / {5-[(hydroxy-kappaO){3-[5-(3-{(hydroxy-kappaO)[5-hydroxy-3-methyl-1-(oxo-kappaO)pent-2-en-1-yl]amino}propyl)-3,6-dioxopiperazin-2-yl]propyl}amino]-3-methyl-5-(oxo-kappaO)pent-3-en-1-yl N~2~-acetyl-N~5~-hydroxy-kappaO-N~5~-[5-hydroxy-3-methyl-1-(oxo-kappaO)pent-2-en-1-yl]-L-ornithinatato(3-)}iron


分子量: 821.673 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H53FeN6O13
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 % / 解説: Rectangular rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M PCB 4 pH, 25 %w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.55 Å / Num. obs: 57586 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 30.5 % / Biso Wilson estimate: 23.44 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.592 / Rpim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 26.1 % / Rmerge(I) obs: 3.98 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4121 / Rpim(I) all: 0.813 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EFM

3efm


解像度: 2→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.845 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU R Cruickshank DPI: 0.345 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.339 / SU Rfree Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.225
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 1741 5.04 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 34551 60.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.7558 Å20 Å20 Å2
2---9.182 Å20 Å2
3---19.9379 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5319 0 154 196 5669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0095747HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.117948HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1952SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes956HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5747HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.26
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion726SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6118SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.11 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 -4.19 %
Rwork0.1597 663 -
all0.1632 692 -
obs--8.25 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.0605 Å / Origin y: 13.0222 Å / Origin z: 26.203 Å
111213212223313233
T-0.202 Å2-0.0066 Å20.0098 Å2--0.1604 Å20.0447 Å2--0.4638 Å2
L1.6367 °2-0.1012 °2-0.0617 °2-1.2356 °20.1222 °2--0.3577 °2
S-0.0507 Å °-0.0084 Å °0.0774 Å °0.182 Å °0.0024 Å °0.0175 Å °0.0388 Å °0.0383 Å °0.0483 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { *|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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