PDB-6e3a: tRNA 2'-phosphotransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6e3a

タイトル

tRNA 2'-phosphotransferase

要素

Probable RNA 2'-phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE / KptA / Tpt1 / TRPT1

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring phosphorus-containing groups / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium thermocellum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Shuman, S. / Goldgur, Y. / Banerjee, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of tRNA splicing enzyme Tpt1 illuminates the mechanism of RNA 2'-PO4recognition and ADP-ribosylation.
著者: Banerjee, A. / Munir, A. / Abdullahu, L. / Damha, M.J. / Goldgur, Y. / Shuman, S.

履歴

登録	2018年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6e3a.ent.gz	79.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6e3a_full_validation.pdf.gz	988.5 KB	表示
XML形式データ	6e3a_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	6e3a_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/6e3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/6e3a	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6edeC 1wfxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s63-d 1oey-4 1ffw-2 4jof-d 2h5y-3 4nmo-d 1a0o-2 2rj2-d 7l7y-d 3gzg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable RNA 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

22.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.367, 53.367, 308.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-434- HOH
2	1	A-438- HOH
3	1	A-468- HOH
4	1	A-472- HOH

#1: タンパク質	Probable RNA 2'-phosphotransferase 分子量: 21149.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (バクテリア) 株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372 遺伝子: kptA, Cthe_3059 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A3DJX6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-HQG / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-3,4-bis(oxidanyl)-5-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate / Appr-1′′p 分子量: 639.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₅O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 10 %MPD / PH範囲: 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2051 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2051 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 53083 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.5 % / CC_1/2: 0.995 / R_pim(I) all: 0.016 / Χ²: 0.978 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 10.9 % / Num. unique obs: 2505 / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.252 / Χ²: 0.842 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
O		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WFX

1wfx

解像度: 1.4→46.217 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1857	3665	3.8 %
R_work	0.1616	-	-
obs	0.1625	52935	99.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→46.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1476	0	88	192	1756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	1605
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.467	2180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.988	602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	230
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	260

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4002-1.4186	0.2805	127	0.3062	3281	X-RAY DIFFRACTION	93
1.4186-1.4381	0.2581	146	0.2814	3638	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4381-1.4586	0.298	140	0.2562	3504	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4586-1.4804	0.2316	138	0.2335	3640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4804-1.5035	0.1988	142	0.2067	3532	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5035-1.5282	0.2272	144	0.2021	3614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5282-1.5545	0.1706	139	0.1974	3540	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5545-1.5828	0.2072	143	0.1832	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5828-1.6132	0.2229	135	0.185	3591	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6132-1.6462	0.1742	144	0.1672	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6462-1.682	0.2213	140	0.1751	3597	X-RAY DIFFRACTION	100
1.682-1.7211	0.2019	143	0.1682	3641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7211-1.7641	0.2	138	0.1725	3525	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7641-1.8118	0.1805	138	0.1682	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8118-1.8652	0.2142	144	0.1643	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8652-1.9254	0.1715	142	0.1589	3616	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9254-1.9942	0.1892	144	0.1586	3559	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9942-2.074	0.2105	144	0.1585	3594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.074-2.1684	0.1839	144	0.1544	3580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1684-2.2827	0.1683	138	0.1597	3574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2827-2.4257	0.225	144	0.1661	3630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4257-2.613	0.1783	142	0.1689	3541	X-RAY DIFFRACTION	100
2.613-2.8759	0.1439	143	0.1564	3607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8759-3.292	0.201	142	0.1561	3570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.292-4.1472	0.1773	143	0.1417	3597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1472-46.2424	0.1676	138	0.1572	3577	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4714	-0.506	0.1616	4.4163	0.0352	5.1151	-0.0626	0.0837	0.2055	-0.2895	0.0234	0.2468	-0.327	-0.2572	0.0034	0.2846	0.037	-0.0266	0.1512	0.017	0.213	-17.8302	6.1242	10.3727
2	4.9203	-5.4273	3.3093	7.7623	-2.046	3.6513	-0.1141	0.1152	0.2774	-0.0198	-0.0722	0.0215	-0.6223	-0.1473	0.219	0.474	0.0584	-0.0152	0.2089	0.0017	0.2977	-17.1283	14.3023	14.0424
3	3.8648	-3.955	5.1646	4.2952	-5.8712	8.362	-0.0261	-0.2317	0.0178	-0.2757	0.0477	0.3862	-0.254	-0.5296	-0.1928	0.3859	0.1335	-0.0072	0.3586	0.0028	0.2933	-25.7607	9.2811	18.2393
4	3.6477	-1.0881	-2.171	4.46	2.1833	9.0139	-0.0602	-0.0489	-0.0071	-0.1402	0.1307	-0.1828	-0.2693	0.1909	-0.0547	0.2533	0.0297	-0.0364	0.1607	0.0327	0.2134	-11.8201	1.7942	15.8053
5	3.3224	0.5447	2.2457	3.0602	-1.1378	5.1903	0.1231	-0.0431	-0.0133	0.2872	-0.0641	-0.0443	0.2632	0.1826	-0.0809	0.2461	0.0737	0.0376	0.1876	-0.0058	0.1711	-5.2859	-13.5956	16.9645
6	1.9166	2.1244	0.0301	4.7109	0.1547	3.7906	-0.0787	0.3523	-0.1124	-0.3941	0.1101	-0.059	0.618	0.0057	-0.0409	0.4653	0.0314	-0.0278	0.2219	0.0006	0.2328	-11.3865	-21.5238	0.101
7	1.6468	-0.106	2.151	2.0291	-1.0961	3.7883	-0.0184	0.0404	0.0182	-0.1991	0.0035	-0.051	0.0445	0.0854	-0.0819	0.2871	0.0331	0.0112	0.1967	-0.0045	0.2281	-8.2985	-10.9511	9.0792
8	6.8301	-1.0142	6.3293	6.099	0.0092	7.7553	0.2498	-0.3905	-0.3362	0.0904	0.0613	0.448	0.6969	-0.7756	-0.2635	0.2687	-0.0555	-0.0035	0.269	0.0462	0.2655	-20.9154	-17.7554	10.9376
9	8.1902	0.0637	3.4605	2.4742	-0.1016	4.2843	0.3631	0.1521	-0.1758	0.0873	-0.0816	-0.2437	0.6265	0.3222	-0.2941	0.3764	0.0942	0.0002	0.2407	0.0097	0.2345	-2.2396	-20.8897	14.7635
10	4.4148	-4.508	-4.0098	5.9704	3.6248	3.7992	0.1311	-0.1574	0.3855	0.0047	0.0693	-0.3	0.0301	0.2259	-0.1637	0.264	0.053	-0.0155	0.2178	0.0256	0.2097	-4.9242	-9.881	17.1759
11	7.7974	-2.9754	1.4966	5.2928	3.9984	8.4513	0.2018	-0.1692	-0.7424	-0.2783	-0.1467	-0.2698	1.0119	0.2504	0.0297	0.4182	0.1181	-0.0013	0.2466	0.0207	0.2345	-3.4391	-22.3835	9.0904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 63 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 64 through 88 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 89 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 105 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 129 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 130 through 144 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 145 through 157 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 158 through 171 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 172 through 182 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)