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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6do0
タイトルCrystal structure of the multidrug binding transcriptional regulator LmrR in complex with Rhodium Bis-diphosphine Complex
要素Transcriptional regulator, PadR-like family
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / protein scaffold / rhodium bis-diphosphine complex / CO2 hydrogenation
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JY1 / Transcriptional regulator, PadR-like family
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Zadvornyy, O.A. / Laureanti, J.A. / Katipamula, S. / O'Hagan, M. / Peters, J.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0012518 米国
Other governmentPNNL Laboratory Directed Research and Development 69937 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Protein Scaffold Activates Catalytic CO2 Hydrogenation by a Rhodium Bis(diphosphine) Complex
著者: Laureanti, J.A. / Buckho, G.W. / Katipamula, S. / Su, Q. / Linehan, J.C. / Zadvornyy, O.A. / Peters, J.W. / O'Hagan, M.
履歴
登録2018年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年1月29日Group: Non-polymer description / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12020年9月2日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PadR-like family
B: Transcriptional regulator, PadR-like family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8983
ポリマ－26,9842
非ポリマー9141
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.645, 35.569, 71.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PadR-like family


分子量: 13492.228 Da / 分子数: 2 / 変異: K55D, K59Q, M89C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (strain MG1363) (乳酸菌)
株: MG1363 / 遺伝子: llmg_0323
発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 (乳酸菌)
参照: UniProt: A2RI36
#2: 化合物 ChemComp-JY1 / bis[diethyl(methyl)-lambda~5~-phosphanyl]{bis[{[(2-{[2-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)ethyl]amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}(diethyl)-lambda~5~-phosphanyl]}rhodium


分子量: 913.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H74N6O6P4Rh
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 % / 解説: needles, plates
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate in 0.1 M Sodium citrate (pH 6.5), 22% w/v PEG 4000, and 1 mM sodium dithionite
PH範囲: 5.6-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→39.07 Å / Num. obs: 6343 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 26.77 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.034 / Χ2: 0.65 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.359 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 922 / CC1/2: 0.918 / Rpim(I) all: 0.212 / Χ2: 0.29 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3f8b

3f8b


解像度: 2.798→39.068 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 43.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3227 336 5.31 %RANDOM
Rwork0.2313 ---
obs0.2366 6333 97.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→39.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1694 0 53 6 1753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7522406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1731085
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7981-3.52490.48061640.27072970X-RAY DIFFRACTION98
3.5249-39.07230.28571720.22023027X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2423-0.2984-3.39472.8852-0.62676.42740.02720.2037-0.2525-0.0408-0.43670.07710.3136-0.45420.17680.5184-0.1405-0.07460.3967-0.04390.366116.4617-17.97149.992
22.29240.106-0.06630.84241.55227.1366-0.32990.1517-0.19440.0178-0.08490.2331-0.3404-1.07180.20510.90410.0286-0.1480.8747-0.08720.475110.2221-15.121431.9494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 5:110)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 0:111)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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