登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dim |
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タイトル | Crystal structure of Tdp1 catalytic domain in complex with Zenobia fragment ZT1982 from cocktail soak |
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要素 | Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 |
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キーワード | hydrolase/hydrolase inhibitor / fragment-based drug design / hydrolase-hydrolase inhibitor complex |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair ...3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity / single strand break repair / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / exonuclease activity / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm類似検索 - 分子機能 Tyrosyl-DNA phosphodiesterase I / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 4-hydroxyquinoline-3-carboxylic acid / Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.81 Å |
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データ登録者 | Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Burke Jr., T.R. / Pommier, Y. / Waugh, D.S. |
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 タイトル: Identification of a ligand binding hot spot and structural motifs replicating aspects of tyrosyl-DNA phosphodiesterase I (TDP1) phosphoryl recognition by crystallographic fragment cocktail screening. 著者: Lountos, G.T. / Zhao, X.Z. / Kiselev, E. / Tropea, J.E. / Needle, D. / Pommier, Y. / Burke, T.R. / Waugh, D.S. |
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履歴 | 登録 | 2018年5月23日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2019年5月29日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2019年6月26日 | Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name |
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改定 1.2 | 2019年11月13日 | Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last |
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改定 1.3 | 2024年3月13日 | Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession |
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