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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6d17 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of KPC-2 complexed with compound 3 | ||||||
![]() | Carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase KPC | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / beta-lactamase / carbapenemase / phosphonate / inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pemberton, O.A. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Heteroaryl Phosphonates as Noncovalent Inhibitors of Both Serine- and Metallocarbapenemases. 著者: Pemberton, O.A. / Jaishankar, P. / Akhtar, A. / Adams, J.L. / Shaw, L.N. / Renslo, A.R. / Chen, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 95.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 833.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 834.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6d15C ![]() 6d16C ![]() 6d18C ![]() 6d19C ![]() 6d1aC ![]() 6d1bC ![]() 6d1cC ![]() 6d1dC ![]() 6d1eC ![]() 6d1fC ![]() 6d1gC ![]() 6d1hC ![]() 6d1iC ![]() 6d1jC ![]() 6d1kC ![]() 6dd0C ![]() 6dd1C ![]() 6ny7C ![]() 6o3rC ![]() 6o5tC ![]() 5ul8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30806.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-VKE / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M Ammonium sulfate, 5% (v/v) Ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月29日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1158 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.45→56.48 Å / Num. obs: 46956 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.057 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 13.3 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5UL8 解像度: 1.45→47.239 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.66 / 位相誤差: 18.46
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.73 Å2 / Biso mean: 25.9966 Å2 / Biso min: 12.28 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.45→47.239 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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