PDB-6cuz: Engineered TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6 with (2S,3R)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6cuz

タイトル

Engineered TrpB from Pyrococcus furiosus, PfTrpB7E6 with (2S,3R)-ethylserine bound as the amino-acrylate

要素

(Tryptophan synthase beta chain ...) x 2

キーワード

LYASE / amino-acrylate / (2S / 3R)-ethylserine

機能・相同性

機能・相同性情報

tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Scheele, R.A. / Buller, A.R. / Boville, C.E. / Arnold, F.H.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Engineered Biosynthesis of beta-Alkyl Tryptophan Analogues.
著者: Boville, C.E. / Scheele, R.A. / Koch, P. / Brinkmann-Chen, S. / Buller, A.R. / Arnold, F.H.

履歴

登録	2018年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6cuz.cif.gz	594.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6cuz.ent.gz	486.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6cuz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6cuz_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6cuz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6cuz_validation.xml.gz	58.5 KB	表示
CIF形式データ	6cuz_validation.cif.gz	81.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cuz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/6cuz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6cutC 6cuvC 5vm5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cut-2 6cut-1 1r81-2 5dw0-2 5vm5-2 6gwz-1 6amc-2 2o57-1 1zj1-2 1wt2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tryptophan synthase beta chain 1

B: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tryptophan synthase beta chain 1

D: Tryptophan synthase beta chain 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.222, 109.297, 159.928
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
Tryptophan synthase beta chain ... , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 1 分子量: 42361.449 Da / 分子数: 2 変異: I16V, E17G, L91P, F95L, L161A, V173E, F274L, T292S, V384A 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (2S,3R)-ethylserine bound as the amino-acrylate 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase
#2: タンパク質	Tryptophan synthase beta chain 1 分子量: 42589.566 Da / 分子数: 2 変異: I16V, E17G, L91P, F95L, L161A, V173E, F274L, T292S, V384A 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: holo 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌) 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase

#1: タンパク質

Tryptophan synthase beta chain 1

分子量: 42361.449 Da / 分子数: 2
変異: I16V, E17G, L91P, F95L, L161A, V173E, F274L, T292S, V384A
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: (2S,3R)-ethylserine bound as the amino-acrylate
由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase

#2: タンパク質

Tryptophan synthase beta chain 1

分子量: 42589.566 Da / 分子数: 2
変異: I16V, E17G, L91P, F95L, L161A, V173E, F274L, T292S, V384A
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: holo
由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: trpB1, PF1706 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U093, tryptophan synthase

-
非ポリマー , 4種, 559分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-FEV / (2E)-2-[(E)-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)amino]pent-2-enoic acid 分子量: 344.257 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇N₂O₇P
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.09 % / Mosaicity: 0.23 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.85 / 詳細: 14% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.19499 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.19499 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→40 Å / Num. obs: 148965 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 1.115 / Num. unique obs: 7282 / CC_1/2: 0.753 / R_pim(I) all: 0.613 / R_rim(I) all: 1.277 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0218	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VM5

5vm5

解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 10.426 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.135
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2611	7409	5 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.2363	141404	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.34 Å² / B_iso mean: 36.149 Å² / B_iso min: 16.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.36 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11373	0	57	550	11980
B_iso mean	-	-	32.85	39.01	-
残基数	-	-	-	-	1521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	11678
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	10793
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.115	1.97	15834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.767	3	24915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.452	5	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.397	24.234	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.979	15	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.703	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	13194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2316

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	529	-
R_work	0.367	10354	-
all	-	10883	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0384	0.0432	0.8541	1.4381	0.2204	2.8856	-0.0507	0.0006	0.0811	-0.0778	0.0477	-0.0786	-0.1445	0.1705	0.0031	0.1396	0.0454	0.0183	0.1819	0.0206	0.0667	-33.2472	-13.6486	14.0418
2	3.5004	-0.095	-0.3709	3.9087	1.6208	6.799	-0.1327	-0.0864	-0.0642	0.1787	-0.2122	0.3354	-0.1092	-0.0222	0.345	0.1633	0.1039	0.012	0.1391	0.0132	0.1484	-44.683	-5.4321	16.884
3	3.4566	1.0537	0.2998	0.3457	0.0952	0.0282	0.2109	-0.3896	-0.0016	0.123	-0.1978	0.0412	0.0331	-0.0469	-0.0131	0.3892	-0.0522	0.1178	0.4178	-0.0573	0.3345	-56.4711	-13.0839	17.6733
4	2.894	-1.0919	-1.5847	1.8168	2.0234	5.9038	-0.2934	0.2196	-0.2338	-0.2437	-0.4601	0.2283	-0.3133	-0.9123	0.7535	0.2151	0.1153	-0.0436	0.1954	-0.0971	0.1231	-50.0672	-4.051	10.6019
5	0.6655	0.1055	0.8413	1.186	0.0078	2.7275	0.0794	0.1009	-0.1005	-0.1297	0.0232	-0.058	0.2044	0.001	-0.1026	0.2051	0.0537	0.0133	0.1659	0.0205	0.0792	-36.7765	-23.3035	7.7536
6	1.8423	-0.4845	2.8698	2.3096	-1.4446	10.024	-0.225	-0.2608	0.5584	-0.5269	-0.2433	0.2806	-0.2871	-1.1256	0.4684	0.3055	0.0837	-0.1414	0.5565	-0.0235	0.3009	-54.1084	-21.4204	3.2854
7	4.8903	0.2845	0.178	2.3464	-0.0069	3.5479	0.0974	0.085	-0.296	-0.3371	-0.0462	-0.163	0.3787	-0.0862	-0.0512	0.251	0.0412	-0.0229	0.1459	-0.0025	0.0667	-39.309	-27.9545	2.293
8	6.3133	0.4111	8.5865	2.91	-0.7763	12.4744	0.3384	-0.4597	-0.2561	0.1635	-0.0322	0.4715	0.5419	-0.6962	-0.3063	0.4059	-0.2575	0.167	0.5354	0.0099	0.4972	-49.9695	-33.7503	22.0572
9	1.1355	-1.7262	-0.1461	2.7455	-0.5794	5.9107	0.0286	-0.0386	-0.1025	-0.0641	0.1494	0.1666	0.6538	-0.8654	-0.178	0.3437	-0.1849	-0.066	0.3688	0.1119	0.0988	-44.6847	-30.893	21.6438
10	2.9765	-0.6285	-0.1741	3.0817	0.4249	3.2712	0.185	-0.1499	-0.2907	0.2978	-0.0349	0.0439	0.6577	-0.6499	-0.15	0.2917	-0.0844	-0.0596	0.2926	0.0632	0.0622	-42.5792	-31.8688	19.9199
11	1.0458	-0.212	-0.2826	2.2671	-0.3041	2.8453	0.0886	-0.1849	-0.1371	0.1054	0.0176	-0.0721	0.8299	-0.0521	-0.1062	0.366	0.0352	-0.0683	0.2428	0.0445	0.0335	-33.5479	-29.863	53.7085
12	0.4947	-0.2788	0.3936	1.1222	0.8089	2.5686	0.0158	0.0008	0.0627	-0.0781	0.0565	-0.1068	-0.146	-0.1446	-0.0723	0.1851	0.0762	0.0001	0.2284	0.0346	0.064	-34.7456	-12.1074	36.1831
13	3.4102	0.1038	3.1591	3.2259	1.0905	8.9555	-0.2314	0.2636	0.1371	0.0755	-0.148	-0.1613	-0.2159	-0.35	0.3794	0.2696	-0.066	-0.0535	0.2363	0.0513	0.056	-44.843	-31.9623	43.5145
14	6.082	-1.4388	-2.7481	19.6684	-1.4279	1.4658	0.7814	-0.632	0.1827	-0.6484	-0.6077	0.684	-0.3013	0.362	-0.1737	0.486	0.1124	-0.1672	0.5055	-0.0383	0.3199	-55.5021	-20.4471	38.127
15	1.6923	3.2428	0.0143	6.3461	0.0997	0.045	0.2002	-0.0553	0.2869	0.275	-0.3252	0.7425	-0.0713	-0.1689	0.125	0.3396	0.1915	-0.1043	1.1485	-0.241	0.3545	-55.7108	-27.7409	40.2206
16	6.2588	0.1692	-1.2548	6.2403	2.2038	1.3726	0.2822	-0.0155	0.1717	0.1828	-0.4612	0.6974	-0.2093	-0.579	0.179	0.5848	0.1301	0.0319	0.6354	0.0024	0.1288	-51.5259	-31.232	54.1504
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20	3.0765	0.3991	0.385	2.5536	-0.027	3.3464	0.0661	-0.0319	0.1616	-0.043	-0.0556	0.0401	-0.556	-0.4417	-0.0105	0.23	0.1637	0.0356	0.2598	0.0296	0.045	-40.6353	-3.8628	38.0524
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26	1.1492	-0.0662	0.2001	1.0499	0.3798	1.5728	-0.0736	0.0466	0.0761	-0.1172	0.0009	0.0192	-0.2028	0.0277	0.0727	0.2249	-0.0263	-0.0199	0.0244	0.0388	0.0795	-9.1767	-30.3047	32.4112
27	8.6421	3.9405	-1.0442	2.8875	1.8178	4.9885	-0.0671	0.1329	-0.1136	-0.0434	0.2145	-0.1484	-0.0125	0.4377	-0.1474	0.2676	-0.0242	0.0163	0.3575	0.119	0.1473	5.839	-32.7767	18.668
28	1.3493	-1.7447	-3.0542	2.3215	3.7144	11.2583	-0.1451	-0.0545	-0.2166	-0.0492	-0.0205	0.2688	1.006	1.8074	0.1657	0.6506	0.1748	0.0108	0.7353	-0.0374	0.173	10.2898	-36.121	25.3638
29	1.3445	-0.0931	0.3709	1.2983	-0.1304	3.2093	-0.0785	0.0753	0.2495	-0.0669	0.006	-0.2152	-0.36	0.454	0.0725	0.2417	-0.0994	0.0072	0.0975	0.0261	0.1383	3.1156	-24.3132	34.4973
30	2.0777	-0.1773	0.2652	2.5412	-0.1433	2.9903	0.0111	-0.0778	0.1345	-0.0885	-0.0732	-0.2483	-0.2577	0.4365	0.0621	0.2148	-0.1161	-0.0099	0.1325	0.0159	0.1287	2.8187	-25.6492	41.9495
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33	1.0423	0.7987	-1.1679	1.579	0.7897	6.3775	-0.0396	-0.1635	0.0877	-0.0014	-0.0763	0.0526	-0.5637	0.3926	0.1159	0.26	-0.0534	-0.0477	0.1798	-0.0202	0.1384	6.7222	-25.8213	63.9543
34	2.3549	-0.6399	-0.091	5.1355	0.969	0.548	-0.0187	-0.1959	-0.3413	-0.1644	-0.047	-0.0266	0.1195	0.3392	0.0657	0.2038	0.0672	0.0221	0.4171	0.0915	0.1091	13.7779	-37.9893	59.6016
35	5.4881	3.6078	1.8771	2.8465	0.3053	4.9845	-0.1712	-0.5573	-0.269	0.3321	-0.8321	-0.504	-0.4158	1.8492	1.0034	0.4658	-0.1605	-0.1919	1.0538	0.5221	0.3624	15.5178	-32.1653	69.9279
36	0.107	0.1229	0.5246	1.4229	0.5507	3.1971	-0.0578	-0.0871	0.0395	0.1292	-0.0048	0.0331	-0.4839	-0.1496	0.0626	0.2991	0.0208	0.0041	0.2747	-0.0366	0.101	-4.5772	-32.4614	70.3643
37	0.8324	0.1973	-0.2337	1.2857	0.0194	2.7425	0.0067	-0.2608	-0.0554	0.1207	0.045	0.0514	0.1402	-0.185	-0.0517	0.2269	0.0154	0.0076	0.2041	0.0481	0.052	-7.0812	-47.8354	71.5664
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39	1.0653	-0.0264	0.1615	1.2406	0.2641	3.5985	0.012	-0.1893	-0.1974	0.1374	0.0465	-0.031	0.4626	0.0526	-0.0585	0.1635	0.0322	-0.01	0.1206	0.0686	0.1093	-3.7837	-52.1024	65.714
40	4.0614	-0.3264	-0.0114	2.0888	0.5414	2.9266	0.0383	-0.1267	-0.2786	-0.1618	0.0489	-0.0394	0.2238	0.0953	-0.0872	0.1935	0.0465	-0.0398	0.1069	0.0564	0.081	-3.6415	-50.8731	58.0371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	103 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	130 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	141 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	181 - 282
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	283 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	302 - 324
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	325 - 335
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	336 - 353
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	354 - 383
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	1 - 44
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	45 - 91
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	92 - 128
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	129 - 141
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	142 - 158
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	159 - 178
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	179 - 254
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	255 - 279
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	280 - 356
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	357 - 384
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	1 - 29
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	30 - 83
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	84 - 132
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	133 - 156
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	163 - 177
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	178 - 256
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	257 - 285
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	286 - 301
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	302 - 358
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	359 - 383
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	1 - 31
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	32 - 92
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	93 - 126
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	127 - 145
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	146 - 176
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	177 - 212
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	213 - 273
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	274 - 301
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	302 - 358
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	359 - 385

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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