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- PDB-6c8r: Loganic acid O-methyltransferase complexed with SAH and loganic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c8r
タイトルLoganic acid O-methyltransferase complexed with SAH and loganic acid
要素Loganic acid O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / SABATH / loganic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


loganate O-methyltransferase / loganate O-methyltransferase activity / indole alkaloid metabolic process / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SAM dependent carboxyl methyltransferase / Methyltransferase, alpha-helical capping domain / SAM dependent carboxyl methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Loganic acid / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Loganic acid O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Catharanthus roseus (ニチニチカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.951 Å
データ登録者Petronikolou, N. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2018
タイトル: Loganic Acid Methyltransferase: Insights into the Specificity of Methylation on an Iridoid Glycoside.
著者: Petronikolou, N. / Hollatz, A.J. / Schuler, M.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年4月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Loganic acid O-methyltransferase
B: Loganic acid O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4255
ポリマ－86,2802
非ポリマー1,1453
水11,980665
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area28950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.440, 116.233, 136.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Loganic acid O-methyltransferase / Loganic acid methyltransferase


分子量: 43140.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2KPR3
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H20N6O5S
#3: 糖 ChemComp-EQV / Loganic acid / (1S,4aS,6S,7R,7aS)-1-(beta-D-glucopyranosyloxy)-6-hydroxy-7-methyl-1,4a,5,6,7,7a-hexahydrocyclopenta[c]pyran-4-carboxyl ic acid / ロガニン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 376.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H24O10
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 282.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 6000, 0.1 M MES-pH 7.0, 0.2 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→116.2 Å / Num. obs: 68324 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.951→1.957 Å / Num. unique obs: 4887 / CC1/2: 0.793

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M6E

1m6e


解像度: 1.951→68.339 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 3397 4.98 %
Rwork0.1753 --
obs0.1774 68223 99.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.951→68.339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 78 671 6479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086022
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0738172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8312245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045888
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9506-1.97850.25411300.24342655X-RAY DIFFRACTION100
1.9785-2.0080.29111220.23922720X-RAY DIFFRACTION100
2.008-2.03940.27521190.23642712X-RAY DIFFRACTION100
2.0394-2.07280.27511560.2222642X-RAY DIFFRACTION100
2.0728-2.10860.26931370.21322670X-RAY DIFFRACTION100
2.1086-2.14690.24261350.21562687X-RAY DIFFRACTION100
2.1469-2.18820.3251460.21092686X-RAY DIFFRACTION100
2.1882-2.23290.27251510.19452663X-RAY DIFFRACTION100
2.2329-2.28140.21421570.18952687X-RAY DIFFRACTION100
2.2814-2.33450.241250.19482709X-RAY DIFFRACTION100
2.3345-2.39290.25191560.18362676X-RAY DIFFRACTION100
2.3929-2.45760.25221280.19512714X-RAY DIFFRACTION100
2.4576-2.52990.23251630.18242691X-RAY DIFFRACTION100
2.5299-2.61160.23741570.17732662X-RAY DIFFRACTION100
2.6116-2.70490.23911230.18492410X-RAY DIFFRACTION88
2.7049-2.81320.22581540.17372685X-RAY DIFFRACTION100
2.8132-2.94130.23421400.17852728X-RAY DIFFRACTION100
2.9413-3.09630.24311300.17592746X-RAY DIFFRACTION100
3.0963-3.29030.21381550.17362678X-RAY DIFFRACTION100
3.2903-3.54430.21661610.16432720X-RAY DIFFRACTION100
3.5443-3.9010.17421370.15532778X-RAY DIFFRACTION100
3.901-4.46540.17261330.13742779X-RAY DIFFRACTION100
4.4654-5.62550.18121430.14672794X-RAY DIFFRACTION100
5.6255-68.38140.18561390.17082934X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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