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Yorodumi- PDB-6c3n: Crystal structure of BCL6 BTB domain in complex with compound 7CC5 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6c3n | ||||||
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Title | Crystal structure of BCL6 BTB domain in complex with compound 7CC5 | ||||||
Components | B-cell lymphoma 6 protein | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION/Inhibitor / Inhibitor / protein-protein interaction / TRANSCRIPTION-Inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / heterochromatin formation / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / protein localization / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.53170577659 Å | ||||||
Authors | Linhares, B. / Cheng, H. / Xue, F. / Cierpicki, T. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2018 Title: Identification of Thiourea-Based Inhibitors of the B-Cell Lymphoma 6 BTB Domain via NMR-Based Fragment Screening and Computer-Aided Drug Design. Authors: Cheng, H. / Linhares, B.M. / Yu, W. / Cardenas, M.G. / Ai, Y. / Jiang, W. / Winkler, A. / Cohen, S. / Melnick, A. / MacKerell Jr., A. / Cierpicki, T. / Xue, F. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6c3n.cif.gz | 137.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6c3n.ent.gz | 89.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6c3n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6c3n_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6c3n_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6c3n_validation.xml.gz | 12.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6c3n_validation.cif.gz | 16 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c3/6c3n | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6c3lC 6cq1C 1r29S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14916.308 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P41182 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 1.6 M ammonium formate, .1 M Tris, pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97857 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 21, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.53→50 Å / Num. obs: 11920 / % possible obs: 84.4 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 38.6909775015 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 16.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.53→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.438 / Num. unique obs: 1054 / CC1/2: 0.913 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1R29 Resolution: 2.53170577659→35.6391223756 Å / SU ML: 0.395730089065 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37523975902 / Phase error: 27.5104225428
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.3315426658 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.53170577659→35.6391223756 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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