+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6c2d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of 4-cyclohexylbenzoate-bound CYP199A4 | ||||||
![]() | Cytochrome P450 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / P450 / Substrate | ||||||
機能・相同性 | ![]() cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of 4-cyclohexylbenzoate-bound CYP199A4 著者: Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 791.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 793.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5kdbS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42898.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-EH1 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25 詳細: PEG 3350, 23 % w/v Bis-Tris, 0.1M, pH 5.25 MgAc, 0.2M PH範囲: 5.25-6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→44.12 Å / Num. obs: 33615 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 13.43 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 249404 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Num. measured all: 10241 / Num. unique obs: 1483 / CC1/2: 0.766 / Rpim(I) all: 0.333 / Rrim(I) all: 0.899 / Net I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 76.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5KDB 解像度: 1.79→39.813 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.27 Å2 / Biso mean: 15.4964 Å2 / Biso min: 4.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→39.813 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
|