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- PDB-6c2d: The crystal structure of 4-cyclohexylbenzoate-bound CYP199A4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c2d
タイトルThe crystal structure of 4-cyclohexylbenzoate-bound CYP199A4
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / Substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-cyclohexylbenzoic acid / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP140103229 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of 4-cyclohexylbenzoate-bound CYP199A4
著者: Coleman, T. / Bruning, J.B. / Bell, S.G.
履歴
登録2018年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7554
ポリマ－42,8991
非ポリマー8563
水10,178565
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.145, 51.438, 79.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.970, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450


分子量: 42898.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris HaA2 (光合成細菌)
株: HaA2 / 遺伝子: RPB_3613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2IU02
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-EH1 / 4-cyclohexylbenzoic acid / 4-シクロヘキシル安息香酸


分子量: 204.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25
詳細: PEG 3350, 23 % w/v Bis-Tris, 0.1M, pH 5.25 MgAc, 0.2M
PH範囲: 5.25-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→44.12 Å / Num. obs: 33615 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 13.43 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 249404
反射 シェル解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Num. measured all: 10241 / Num. unique obs: 1483 / CC1/2: 0.766 / Rpim(I) all: 0.333 / Rrim(I) all: 0.899 / Net I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 76.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.79 Å44.12 Å
Translation6.6 Å44.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.25データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KDB

5kdb


解像度: 1.79→39.813 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 1655 4.93 %Random selection
Rwork0.1453 31944 --
obs0.1473 33599 98.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.27 Å2 / Biso mean: 15.4964 Å2 / Biso min: 4.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→39.813 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3021 0 59 565 3645
Biso mean--9.16 26.21 -
残基数----393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113177
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.254343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4541176
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.79-1.83940.29611190.22152261238084
1.8394-1.89870.22321430.192226632806100
1.8987-1.96660.24461380.169226542792100
1.9666-2.04530.22671370.160127012838100
2.0453-2.13840.1941290.150426802809100
2.1384-2.25110.19351430.144427042847100
2.2511-2.39220.18791510.137826582809100
2.3922-2.57680.18341290.142227262855100
2.5768-2.83610.19851380.149426952833100
2.8361-3.24630.20081410.144726932834100
3.2463-4.08930.14161290.121227362865100
4.0893-39.82270.14331580.131227732931100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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