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- PDB-6c1w: A tethered niacin-derived pincer complex with a nickel-carbon or ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c1w
タイトルA tethered niacin-derived pincer complex with a nickel-carbon or sulfite-carbon bond in lactate racemase
要素Lactate racemase
キーワードISOMERASE / Lar / nickel transferase / LarA / nickel / lactate / lactate racemization / lactate racemase / sulfite / sulfite-bond / pincer / cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


lactate racemase / lactate racemase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
LarA, C-terminal domain / LarA, N-terminal domain / : / : / : / Lactate racemase C-terminal domain / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / Lactate racemase N-terminal domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...LarA, C-terminal domain / LarA, N-terminal domain / : / : / : / Lactate racemase C-terminal domain / LarA-like, N-terminal / LarA-like, C-terminal domain / Lactate racemase N-terminal domain / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4EY / Chem-ENJ / NICKEL (II) ION / SULFITE ION / Lactate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.398 Å
データ登録者Fellner, M. / Desguin, B. / Hausinger, R.P. / Hu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1516126 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Lactate Racemase Nickel-Pincer Cofactor Operates by a Proton-Coupled Hydride Transfer Mechanism.
著者: Rankin, J.A. / Mauban, R.C. / Fellner, M. / Desguin, B. / McCracken, J. / Hu, J. / Varganov, S.A. / Hausinger, R.P.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.02024年5月1日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactate racemase
B: Lactate racemase
C: Lactate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,17226
ポリマ－142,1093
非ポリマー3,06323
水1,964109
1
A: Lactate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2907
ポリマ－47,3701
非ポリマー9206
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lactate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,59311
ポリマ－47,3701
非ポリマー1,22410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Lactate racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2898
ポリマ－47,3701
非ポリマー9197
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.365, 157.897, 158.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Lactate racemase / Lar / Lactate racemization operon protein LarA


分子量: 47369.633 Da / 分子数: 3 / 変異: C-terminal fusion to ASWSHPQFEK / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
株: ATCC BAA-793 / NCIMB 8826 / WCFS1 / 遺伝子: larA, lp_0104 / プラスミド: pGIR112 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): NZ3900 / 参照: UniProt: F9USS9, lactate racemase

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非ポリマー , 6種, 132分子

#2: 化合物 ChemComp-ENJ / (4S)-5-methanethioyl-1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-4-sulfo-1,4-dihydropyridine-3-carbothioic S-acid


分子量: 477.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H16NO11PS3
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-4EY / 3-methanethioyl-1-(5-O-phosphono-beta-D-ribofuranosyl)-5-(sulfanylcarbonyl)pyridin-1-ium / Dithiodinicotinic acid mononucleotide


分子量: 396.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8PS2
#6: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.89 % / Mosaicity: 0.407 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M bis-Tris buffer, pH 6.5, with 2 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 68698 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 44.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.138 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 907118
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.4-2.4911.366690.7970.4840.67797.7
2.49-2.5912.267070.8560.3730.71398.5
2.59-2.712.767630.9210.2530.76698.80.8850.922
2.7-2.8513.167750.9630.1720.82799.10.6090.634
2.85-3.0213.468390.9810.1090.96299.20.390.406
3.02-3.2613.768530.990.0691.09499.60.2460.256
3.26-3.5814.168610.9940.0461.00499.50.1640.17
3.58-4.113.369410.9950.0361.04899.70.1260.131
4.1-5.1714.569990.9970.0241.0799.90.0870.09
5.17-4013.672910.9980.021.19399.70.070.073

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HUQ

5huq


解像度: 2.398→38.545 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 33.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2627 6283 4.8 %
Rwork0.2063 124598 -
obs0.2091 130881 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.24 Å2 / Biso mean: 53.8249 Å2 / Biso min: 27.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.398→38.545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9880 0 163 109 10152
Biso mean--55.66 48.31 -
残基数----1296
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3984-2.42560.40532170.3374057427498
2.4256-2.45420.38992150.32444052426798
2.4542-2.48410.32971930.31594119431296
2.4841-2.51550.39861760.3164136431299
2.5155-2.54860.42081840.31254235441999
2.5486-2.58350.35721850.2874058424397
2.5835-2.62040.36231900.27344147433799
2.6204-2.65950.38091990.27254198439798
2.6595-2.70110.3251720.25754143431599
2.7011-2.74540.29341970.25274185438299
2.7454-2.79270.33551780.25884145432398
2.7927-2.84350.31222390.266341334372100
2.8435-2.89810.31622330.26634147438099
2.8981-2.95730.34271840.260841654349100
2.9573-3.02150.37842250.26164203442899
3.0215-3.09180.34011780.275741804358100
3.0918-3.16910.37072240.25384163438799
3.1691-3.25470.34772370.242941604397100
3.2547-3.35040.32562140.23074135434999
3.3504-3.45850.2682340.22541954429100
3.4585-3.5820.26632030.21744149435299
3.582-3.72540.28482280.21064158438699
3.7254-3.89480.23482030.186641824385100
3.8948-4.09990.21832420.168941754417100
4.0999-4.35640.21242290.154441674396100
4.3564-4.69220.19142030.142142094412100
4.6922-5.16340.18662190.144841694388100
5.1634-5.90830.21162300.173141734403100
5.9083-7.43510.24542620.171941424404100
7.4351-38.54950.17451900.15054118430898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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