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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6br6 | ||||||||||||
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タイトル | N2 neuraminidase in complex with a novel antiviral compound | ||||||||||||
![]() | Neuraminidase | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Li, L.H. / Ve, T. / Pascolutti, M. / Hadhazi, A. / Bailly, B. / Thomson, R.J. / Gao, G.F. / von Itzstein, M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Sulfonozanamivir Analogue Has Potent Anti-influenza Virus Activity. 著者: Hadhazi, A. / Li, L. / Bailly, B. / Maggioni, A. / Martin, G. / Dirr, L. / Dyason, J.C. / Thomson, R.J. / Gao, G.F. / Borbas, A. / Ve, T. / Pascolutti, M. / von Itzstein, M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42793.816 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 83-469 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NA 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: C6KNH8, UniProt: E0UY46*PLUS, exo-alpha-sialidase |
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-糖 , 3種, 3分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/E3M.gif)
![](data/chem/img/E3M.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
#7: 糖 | ChemComp-E3M / ( |
-非ポリマー , 4種, 180分子 ![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-NI / |
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#5: 化合物 | ChemComp-CA / |
#6: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#8: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris, pH 8.0 20% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.039→48.504 Å / Num. obs: 27261 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 24.5909164613 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.213 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.1 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 1.388 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2037 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 1.428 / % possible all: 97.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.1537623306 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03983884352→48.5034449271 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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