[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6bg5: Structure of 1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-ylmethyl)-1-(1-propylpiperi... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bg5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of 1-(benzo[d][1,3]dioxol-5-ylmethyl)-1-(1-propylpiperidin-4-yl)-3-(3-(trifluoromethyl)phenyl)urea bound to DCN1 | ||||||
![]() | Endolysin, DCN1-like protein 1 chimera | ||||||
![]() | HYDROLASE / LIGASE/INHIBITOR / E3 Ligase / LIGASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process ...positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / Neddylation / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guy, R.K. / Schulman, B.A. / Scott, D.C. / Hammill, J.T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Piperidinyl Ureas Chemically Control Defective in Cullin Neddylation 1 (DCN1)-Mediated Cullin Neddylation. Authors: Hammill, J.T. / Scott, D.C. / Min, J. / Connelly, M.C. / Holbrook, G. / Zhu, F. / Matheny, A. / Yang, L. / Singh, B. / Schulman, B.A. / Guy, R.K. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 259.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 209.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 723.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 727.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6bg3C ![]() 2lzmS ![]() 3tduS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 44307.352 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: PONY Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: E, DCUN1D1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / Plasmid: pRSF DUET / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-DQD / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.98 % / Mosaicity: 0.293 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: evaporation / Details: 6% PEG3350, 0.2M NH4Br |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 12, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1→50 Å / Num. obs: 141508 / % possible obs: 94.9 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.757 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2LZM, 3TDU Resolution: 1.1→49.172 Å / SU ML: 0.09 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 15.19
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 68.12 Å2 / Biso mean: 20.177 Å2 / Biso min: 7.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.1→49.172 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|