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万見
- PDB-6b6g: Crystal Structure of GABA Aminotransferase bound to (S)-3-Amino-4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b6g
タイトルCrystal Structure of GABA Aminotransferase bound to (S)-3-Amino-4-(difluoromethylenyl)cyclopent-1-ene-1-carboxylic acid, an Potent Inactivatorfor the Treatment of Addiction
要素4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / Inactivator / GABA Aminotransferase / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


(S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / Degradation of GABA / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / 4-aminobutyrate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / behavioral response to cocaine ...(S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / 4-aminobutyrate transaminase complex / succinate-semialdehyde dehydrogenase binding / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase activity / Degradation of GABA / 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / 4-aminobutyrate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid catabolic process / behavioral response to cocaine / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-aminobutyrate aminotransferase, eukaryotic / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...4-aminobutyrate aminotransferase, eukaryotic / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Chem-RMT / 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Mascarenhas, R. / Juncosa, J.I. / Takaya, K. / Le, L.V. / Moschitto, M.J. / Silverman, R.B. / Liu, D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)R01 DA030604 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF NNCI-1542205 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: Design and Mechanism of (S)-3-Amino-4-(difluoromethylenyl)cyclopent-1-ene-1-carboxylic Acid, a Highly Potent gamma-Aminobutyric Acid Aminotransferase Inactivator for the Treatment of Addiction.
著者: Juncosa, J.I. / Takaya, K. / Le, H.V. / Moschitto, M.J. / Weerawarna, P.M. / Mascarenhas, R. / Liu, D. / Dewey, S.L. / Silverman, R.B.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
B: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
C: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
D: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,62016
ポリマ－209,2474
非ポリマー2,37312
水24,0681336
1
A: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
B: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8108
ポリマ－104,6242
非ポリマー1,1876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area30690 Å2
手法PISA
2
C: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
D: 4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,8108
ポリマ－104,6242
非ポリマー1,1876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11570 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area30510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.633, 228.022, 70.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
4-aminobutyrate aminotransferase, mitochondrial / (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / GABA aminotransferase / GABA-AT / Gamma-amino-N- ...(S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase / GABA aminotransferase / GABA-AT / Gamma-amino-N-butyrate transaminase / GABA-T / L-AIBAT


分子量: 52311.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: P80147, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase, (S)-3-amino-2-methylpropionate transaminase

-
非ポリマー , 5種, 1348分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物
ChemComp-RMT / (3R,4E)-4-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]cyclopent-1-ene-1,3-dicarboxylic acid


分子量: 400.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H17N2O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5 and, 17% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 18-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→66.9 Å / Num. obs: 148993 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 27.18 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 577756 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.95-2.053.80.845216900.5120.5070.9998.4
6.16-66.94.10.04248410.9970.0230.04999.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimless0.5.29データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.95→45.711 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 7313 4.92 %
Rwork0.1684 --
obs0.1706 148684 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.63 Å2 / Biso mean: 32.563 Å2 / Biso min: 7.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→45.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14616 0 132 1336 16084
Biso mean--37.76 40.42 -
残基数----1847
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99920946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552223
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.80512832
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9488-1.9710.32362370.26154631486897
1.971-1.99410.27022150.25584683489898
1.9941-2.01850.30962540.25184653490798
2.0185-2.0440.31162310.25184688491998
2.044-2.07090.29092290.24974618484797
2.0709-2.09930.29052620.23284595485796
2.0993-2.12930.27432430.22344539478295
2.1293-2.1610.27352290.20884391462091
2.161-2.19480.30192410.21874623486496
2.1948-2.23080.25932500.211747515001100
2.2308-2.26930.26682660.206247324998100
2.2693-2.31050.26462840.200547645048100
2.3105-2.3550.25372740.191247565030100
2.355-2.4030.26332440.191347795023100
2.403-2.45530.24921980.181448255023100
2.4553-2.51240.21442630.171547795042100
2.5124-2.57520.23082540.172447835037100
2.5752-2.64480.23032480.168847775025100
2.6448-2.72270.20652230.159748225045100
2.7227-2.81050.22152670.162547625029100
2.8105-2.9110.21762020.162448245026100
2.911-3.02750.22332580.153547625020100
3.0275-3.16520.222400.157247755015100
3.1652-3.33210.1932480.15314715496399
3.3321-3.54080.19362860.14734734502099
3.5408-3.8140.19522110.13624672488397
3.814-4.19760.15572510.13624483473493
4.1976-4.80440.15442140.131948305044100
4.8044-6.05090.1772430.156548055048100
6.0509-45.72310.17332480.16514820506899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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