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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b41 | ||||||
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Title | Menin bound to M-525 | ||||||
![]() | Menin | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING/INHIBITOR / Covalent Inhibitor / MEN1 syndrome / ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Y-form DNA binding / negative regulation of telomerase activity / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / MLL1/2 complex / T-helper 2 cell differentiation / osteoblast development / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stuckey, J.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Design of the First-in-Class, Highly Potent Irreversible Inhibitor Targeting the Menin-MLL Protein-Protein Interaction. Authors: Xu, S. / Aguilar, A. / Xu, T. / Zheng, K. / Huang, L. / Stuckey, J. / Chinnaswamy, K. / Bernard, D. / Fernandez-Salas, E. / Liu, L. / Wang, M. / McEachern, D. / Przybranowski, S. / Foster, C. / Wang, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 119.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 88.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3u84S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 61061.234 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: Chemical | ChemComp-CJV / | ||
#3: Chemical | ChemComp-7PR / ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.96 Å3/Da / Density % sol: 68.93 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.96 M NaCl, 89 mM Bis-Tris pH 6.8, 0.178 M MgCl2 and 10.7 mM Pr Acetate PH range: 6.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 2, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.61→50 Å / Num. obs: 29090 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 51.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 350677 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 3U84 Resolution: 2.61→48.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU R Cruickshank DPI: 0.367 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.352 / SU Rfree Blow DPI: 0.263 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.269
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Displacement parameters | Biso max: 216.28 Å2 / Biso mean: 40.26 Å2 / Biso min: 3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.61→48.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.61→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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