[English] 日本語

- PDB-6azs: Structural and biochemical characterization of a non-canonical bi... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6azs | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structural and biochemical characterization of a non-canonical biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841 | ||||||
![]() | Putative amidase | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / s-triazine / xenobiotic / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | biuret amidohydrolase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / hydrolase activity / N-formyl-D-aspartic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Biuret amidohydrolase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peat, T.S. / Esquirol, L. / Newman, J. / Scott, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and biochemical characterization of the biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841. Authors: Esquirol, L. / Peat, T.S. / Wilding, M. / Lucent, D. / French, N.G. / Hartley, C.J. / Newman, J. / Scott, C. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 214.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 169.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 522.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 533.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 45 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 65.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5bk6C ![]() 6aznSC ![]() 6azoC ![]() 6azqC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Refine code: _
NCS ensembles :
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Details | Tetramer as determined by gel filtration |
-
Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 28592.576 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 3841 / Gene: pRL100352 / Plasmid: pETcc2 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-Non-polymers , 6 types, 899 molecules 










#2: Chemical | ChemComp-BTB / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Details
Has protein modification | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.49 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 281 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.1 Details: Sitting drops were set up with 150 nL protein at 7 mg/mL plus 300 nL reservoir: 100 mM bis-tris chloride buffer at pH 6.1, 23.6 (w/v) PEG 3350, 160 mM sodium thiocyanate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 29, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95373 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.59→45.9 Å / Num. obs: 139549 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.59→1.62 Å / Redundancy: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 1.122 / Num. unique obs: 6791 / CC1/2: 0.665 / Rpim(I) all: 0.53 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6azn Resolution: 1.59→45.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.413 / SU ML: 0.049 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.638 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.59→45.9 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|