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- PDB-6azs: Structural and biochemical characterization of a non-canonical bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6azs
タイトルStructural and biochemical characterization of a non-canonical biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841
要素Putative amidase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / s-triazine / xenobiotic / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性biuret amidohydrolase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / hydrolase activity / N-formyl-D-aspartic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Biuret amidohydrolase
機能・相同性情報
生物種Rhizobium leguminosarum bv. viciae (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Peat, T.S. / Esquirol, L. / Newman, J. / Scott, C.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of the biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841.
著者: Esquirol, L. / Peat, T.S. / Wilding, M. / Lucent, D. / French, N.G. / Hartley, C.J. / Newman, J. / Scott, C.
履歴
登録2017年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative amidase
B: Putative amidase
C: Putative amidase
D: Putative amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,94715
ポリマ－114,3704
非ポリマー1,57711
水15,997888
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15100 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area28160 Å2
2
A: Putative amidase
D: Putative amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0919
ポリマ－57,1852
非ポリマー9057
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16930 Å2
手法PISA
3
B: Putative amidase
C: Putative amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8576
ポリマ－57,1852
非ポリマー6724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.067, 122.244, 136.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-474-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLEULEUAA8 - 23228 - 252
21ASNASNLEULEUBB8 - 23228 - 252
12VALVALLEULEUAA5 - 23225 - 252
22VALVALLEULEUCC5 - 23225 - 252
13ASNASNLEULEUAA8 - 23228 - 252
23ASNASNLEULEUDD8 - 23228 - 252
14ASNASNLEULEUBB8 - 23228 - 252
24ASNASNLEULEUCC8 - 23228 - 252
15ASNASNPROPROBB8 - 23328 - 253
25ASNASNPROPRODD8 - 23328 - 253
16ASNASNLEULEUCC8 - 23228 - 252
26ASNASNLEULEUDD8 - 23228 - 252

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細Tetramer as determined by gel filtration

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative amidase


分子量: 28592.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. viciae (strain 3841) (根粒菌)
株: 3841 / 遺伝子: pRL100352 / プラスミド: pETcc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q1M7F4

-
非ポリマー , 6種, 899分子

#2: 化合物
ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-C5S / N-formyl-D-aspartic acid


分子量: 161.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7NO5
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: Sitting drops were set up with 150 nL protein at 7 mg/mL plus 300 nL reservoir: 100 mM bis-tris chloride buffer at pH 6.1, 23.6 (w/v) PEG 3350, 160 mM sodium thiocyanate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→45.9 Å / Num. obs: 139549 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.59→1.62 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 1.122 / Num. unique obs: 6791 / CC1/2: 0.665 / Rpim(I) all: 0.53 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6azn

6azn


解像度: 1.59→45.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.413 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1742 6861 4.9 %RANDOM
Rwork0.15378 ---
obs0.15478 132605 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.638 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0 Å20 Å2
2--0.62 Å2-0 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.59→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6967 0 104 888 7959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0197513
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7871.98310203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.069316192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.095957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33523.667330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.703151207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4881562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.21098
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3341.4833768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3311.4833767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9082.2224745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9082.2224746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3531.7363745
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3521.7363745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5342.5165459
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.5529.56532857
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.36628.95731810
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A149940.07
12B149940.07
21A154700.06
22C154700.06
31A150060.07
32D150060.07
41B149380.06
42C149380.06
51B151500.05
52D151500.05
61C148640.07
62D148640.07
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 501 -
Rwork0.237 9691 -
obs--99.99 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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