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万見
- PDB-6ayi: Escherichia coli GusR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ayi
タイトルEscherichia coli GusR
要素HTH-type transcriptional regulator UidR
キーワードTRANSCRIPTION / Transcriptional Repressor Protein / Glucuronide Binding Protein / DNA Binding Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-nitrophenyl beta-D-glucopyranosiduronic acid / HTH-type transcriptional regulator UidR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Little, M.S. / Pellock, S.J.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the regulation of beta-glucuronidase expression by human gut Enterobacteriaceae.
著者: Little, M.S. / Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Tripathy, A. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2017年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator UidR
B: HTH-type transcriptional regulator UidR
C: HTH-type transcriptional regulator UidR
D: HTH-type transcriptional regulator UidR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6478
ポリマ－88,3864
非ポリマー1,2614
水5,386299
1
A: HTH-type transcriptional regulator UidR
B: HTH-type transcriptional regulator UidR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8234
ポリマ－44,1932
非ポリマー6302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulator UidR
D: HTH-type transcriptional regulator UidR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8234
ポリマ－44,1932
非ポリマー6302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.997, 106.744, 135.249
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator UidR / Uid operon repressor


分子量: 22096.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: uidR, Z2623, ECs2326 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P0ACT8
#2: 糖
ChemComp-C3G / 4-nitrophenyl beta-D-glucopyranosiduronic acid / 4-nitrophenyl beta-D-glucosiduronic acid / 4-nitrophenyl D-glucosiduronic acid / 4-nitrophenyl glucosiduronic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 315.233 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→29.181 Å / Num. obs: 43883 / % possible obs: 94.69 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.15 Å2 / Net I/σ(I): 14.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→29.18 Å / SU ML: 0.186 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2212 1911 4.55 %
Rwork0.1868 --
obs0.1883 42020 94.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5042 0 88 299 5429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001804236604975200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3743241913547008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332734376354818
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00253093172602906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.916057831433188
LS精密化 シェル解像度: 2.093→2.1453 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3111 108 -
Rwork0.273 2262 -
obs--75.99 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.034141451 Å / Origin y: 34.5227806903 Å / Origin z: 140.646276914 Å
111213212223313233
T0.254170144655 Å20.00190396569137 Å2-0.0290998318837 Å2-0.225284086944 Å20.0172155218832 Å2--0.245786770548 Å2
L0.514404450168 °20.046692065668 °2-0.0221536704653 °2-0.18869248872 °2-0.0258675601315 °2--0.160317480086 °2
S0.0152650359721 Å °0.00367586589653 Å °-0.0744907463514 Å °0.0291339692217 Å °-0.0175359487463 Å °0.0044910597185 Å °0.0628807452017 Å °0.0357186530571 Å °-7.01639593996E-6 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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