PDB-6aww: Structure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 in complex with 3-Hydroxy-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aww

タイトル

Structure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 in complex with 3-Hydroxy-2-naphthoic acid

要素

Ara h 8 allergen

キーワード

PROTEIN BINDING / PLANT PROTEIN / PEANUT / ALLERGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01.
著者: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2017年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aww.cif.gz	311.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aww.ent.gz	254.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aww_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aww_full_validation.pdf.gz	4.4 MB	表示
XML形式データ	6aww_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	6aww_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6aww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6aww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6awrC 6awsC 6awtC 6awuC 6awvC 6awxC 6awyC 6awzC 6ax0C 4mapS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6awz-1 6awv-3 4ma6-1 6v8j-2 6v8j-3 6v8h-1 4cb7-1 6v8l-3 3r33-d 4x52-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ara h 8 allergen

B: Ara h 8 allergen

C: Ara h 8 allergen

D: Ara h 8 allergen

E: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

86.2 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Ara h 8 allergen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.567, 130.513, 140.883
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 1 - 156

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Ara h 8 allergen 分子量: 16842.014 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VT83
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-BZJ / 3-hydroxynaphthalene-2-carboxylic acid / 3-ヒドロキシ-2-ナフトエ酸分子量: 188.179 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris, 25% PEG 3350, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 37595 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.051 / R_sym value: 0.043 / Net I/σ(I): 45.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / Num. unique obs: 1873 / R_pim(I) all: 0.155 / R_rim(I) all: 0.445 / R_sym value: 0.314 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-3000		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MAP

4map

解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.254 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25995	1900	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22521	-	-	-
obs	0.22698	35532	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.225 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.58 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5825	0	145	208	6178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.02	6083
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.714	2.017	8256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.152	5	771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.552	26.502	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.05	15	1012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.192	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4567
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.276	3.659	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.727	5.479	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.36	3.928	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.893	34.902	24792
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	148	-
R_work	0.295	2579	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3244	-1.1233	-0.7442	2.3851	0.4965	3.4417	-0.0911	0.1236	-0.2436	0.0502	0.0965	0.4085	0.3362	-0.1391	-0.0054	0.0939	-0.0753	0.0016	0.1237	-0.0089	0.0881	-30.415	12.505	17.956
2	1.6329	-2.2161	-2.0512	3.6775	3.7935	4.8901	-0.1958	-0.1243	-0.1611	0.1021	0.1285	0.2843	0.1385	0.3667	0.0673	0.2124	-0.0539	-0.07	0.2502	-0.0125	0.1354	-26.702	18.828	16.959
3	1.7556	-0.6669	-0.9893	1.9021	-0.0972	2.5318	-0.0983	-0.0067	0.1445	-0.061	0.0533	0.0522	0.4973	0.0606	0.045	0.2367	-0.0047	-0.0444	0.1369	-0.0625	0.1139	-9.083	3.672	-3.527
4	1.7228	0.1363	0.028	1.7213	0.5127	5.532	0.0142	0.096	0.3043	-0.0039	0.105	0.3069	0.2612	-0.124	-0.1193	0.1285	-0.0339	-0.0703	0.0635	0.022	0.1651	-14.069	9.548	-7.75
5	2.4795	-1.2793	2.0055	2.8685	-0.7536	3.0907	0.3698	0.0035	-0.1582	-0.1049	-0.2392	0.1433	0.3123	-0.4758	-0.1305	0.0729	-0.0475	-0.0355	0.3132	0.0001	0.0503	-25.065	20.711	-26.304
6	5.6331	0.7821	3.2495	1.2703	0.9188	3.2592	0.0142	-0.0824	-0.18	-0.184	-0.0335	-0.0207	-0.0492	-0.1858	0.0194	0.0352	-0.0189	-0.0038	0.1441	0.0086	0.0219	-22.345	26.753	-30.923
7	2.4587	0.3606	-0.5561	5.2761	-0.5737	1.7174	-0.0397	0.0066	-0.0295	0.6322	0.0379	-0.3837	0.0703	0.2088	0.0017	0.4649	0.0012	-0.0759	0.1065	-0.0591	0.0668	7.061	-18.291	-20.168
8	4.6092	1.3363	-2.7372	2.4606	-2.1567	6.5725	-0.2252	0.1086	0.0397	0.5561	0.1907	-0.3013	-0.2651	0.2442	0.0344	0.5123	0.0395	-0.0602	0.0802	-0.072	0.105	5.351	-9.539	-17.796
9	3.4524	-0.6392	0.4218	4.3778	-2.0597	4.1642	0.2613	-0.1166	0.1265	-0.3131	0.0523	0.217	0.1825	-0.2934	-0.3137	0.205	-0.043	0.0241	0.0631	0.0301	0.0517	-29.414	-19.087	15.015
10	6.5416	-2.6158	-1.084	2.2312	0.3815	3.886	0.4421	-0.0224	0.286	-0.5004	-0.0568	-0.0486	0.2596	-0.1652	-0.3852	0.3522	-0.0845	0.0366	0.0828	0.0411	0.1583	-25.057	-25.214	16.276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 114
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	115 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	95 - 157
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	106 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 101
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	102 - 157
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	2 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	86 - 157

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)