[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6aww: Structure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 in complex with 3-Hydroxy-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6aww | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of PR 10 Allergen Ara h 8.01 in complex with 3-Hydroxy-2-naphthoic acid | ||||||
Components | Ara h 8 allergen | ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / PLANT PROTEIN / PEANUT / ALLERGEN | ||||||
Function / homology | Function and homology information abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Arachis hypogaea (peanut) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01. Authors: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6aww.cif.gz | 311.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6aww.ent.gz | 254.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6aww.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6aww_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6aww_full_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | |
Data in XML | 6aww_validation.xml.gz | 32.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6aww_validation.cif.gz | 44.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6aww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6aww | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6awrC 6awsC 6awtC 6awuC 6awvC 6awxC 6awyC 6awzC 6ax0C 4mapS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 1 - 156
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16842.014 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arachis hypogaea (peanut) / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q6VT83 #2: Chemical | ChemComp-NA / #3: Chemical | ChemComp-BZJ / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.44 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 100 mM Tris, 25% PEG 3350, pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→40 Å / Num. obs: 37595 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 45.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / Num. unique obs: 1873 / Rpim(I) all: 0.155 / Rrim(I) all: 0.445 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4MAP Resolution: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.254 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 58.225 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.3→40 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|