PDB-6awe: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6awe

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 2-fluoro-6-(2-pyridin-2-ylethylamino)benzonitrile

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Purine Nucleoside Phosphorylase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 2-fluoro-6-(2-pyridin-2-ylethylamino)benzonitrile
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6awe.cif.gz	178.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6awe.ent.gz	144.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6awe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6awe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/6awe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tbt-1 6bi1-1 5tbu-1 6b3l-1 4ece-2 6bhb-1 2oc4-1 6b56-1 6b7i-1 6bb7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.380, 100.380, 100.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-583- HOH
2	1	A-613- HOH
3	1	A-661- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, UniProt: G4VP83*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-C0J / 2-fluoro-6-{[2-(pyridin-2-yl)ethyl]amino}benzonitrile 分子量: 241.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂FN₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50.19 Å / Num. obs: 40718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 11.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2933 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.65→50.19 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1829	1999	4.91 %
R_work	0.1549	-	-
obs	0.1562	40716	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2144	0	50	274	2468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.376	3016
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.342	1325
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	389

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6502-1.6915	0.3073	125	0.2647	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6915-1.7372	0.2635	148	0.2502	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7372-1.7884	0.2536	169	0.2321	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7884-1.8461	0.2431	137	0.2051	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8461-1.9121	0.2263	172	0.1851	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9121-1.9886	0.2078	138	0.1741	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9886-2.0791	0.2011	146	0.1512	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0791-2.1888	0.2019	143	0.1468	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1888-2.3259	0.1802	146	0.1378	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3259-2.5055	0.1867	128	0.1388	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5055-2.7576	0.1563	130	0.14	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7576-3.1566	0.1795	136	0.1465	2809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1566-3.9767	0.1802	155	0.1451	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9767-50.2132	0.1464	126	0.1494	2934	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2215	4.0079	1.7514	6.2844	2.6451	4.0315	-0.176	-0.1261	-1.1784	0.1619	0.0969	-0.5919	0.9858	0.7919	-0.1959	0.3648	0.0695	0.0881	0.1713	-0.008	0.4578	27.6346	12.0787	53.2367
2	3.4995	-0.5122	0.7095	3.1844	-0.9213	3.2444	0.1727	0.2229	-0.84	-0.1326	-0.0506	0.0988	0.8677	-0.3241	-0.0813	0.4626	-0.0973	0.0009	0.2478	-0.0631	0.3867	11.612	8.4876	47.311
3	7.6742	2.1632	-2.998	2.8629	0.2997	4.5708	0.1589	-0.398	-0.2161	0.2632	0.0731	0.3791	0.2646	-0.3177	-0.1375	0.3405	-0.0093	0.0323	0.2368	0.0691	0.3756	15.1224	12.6035	61.9333
4	1.5025	-0.27	-1.1127	0.5505	0.5327	3.4044	-0.0233	0.0834	-0.3146	-0.0694	-0.0238	0.057	0.2548	-0.1896	0.05	0.2741	-0.0276	0.0293	0.1972	-0.0324	0.2863	15.5283	16.6024	51.6529
5	8.7581	-5.9195	-2.2976	5.5772	2.0021	1.292	-0.0353	0.4783	0.1331	-0.2182	-0.0558	0.1183	0.0524	-0.194	0.0655	0.2054	-0.0648	-0.0263	0.2612	-0.0012	0.1473	1.9809	25.8598	44.3111
6	2.8893	-0.035	0.4621	0.61	0.2123	0.9894	-0.0259	0.2105	-0.0362	-0.1521	0.0728	-0.0631	0.0332	-0.0211	-0.0355	0.2219	-0.0364	0.0321	0.181	-0.0021	0.1794	17.1511	32.5165	49.0117
7	0.9463	-0.2763	0.6137	3.2307	2.5429	4.8042	-0.0431	0.388	0.0175	-0.6431	-0.1276	0.2023	-0.0936	-0.3247	0.1506	0.3337	-0.0996	-0.0431	0.3794	-0.0029	0.1766	1.1102	25.9032	35.4141
8	1.6597	0.037	-0.7722	0.6877	0.3764	1.1028	-0.0372	0.0703	0.0631	-0.1261	0.001	0.044	-0.0593	-0.1249	0.0396	0.2154	-0.0335	-0.0126	0.2157	-0.0208	0.1859	4.5849	33.3692	53.2189
9	2.5447	-0.8102	-0.0025	1.8621	0.7174	0.9519	-0.0408	-0.2376	0.1914	-0.0142	-0.0733	0.2805	-0.0672	-0.1413	0.147	0.2081	-0.0335	-0.0308	0.286	-0.0562	0.2104	-4.5359	29.5409	50.3986
10	7.5421	-1.2127	-5.6889	2.4743	1.5195	5.5555	-0.2617	0.2987	-0.3475	-0.0179	0.0266	0.0515	0.2698	-0.1626	0.283	0.2829	-0.0888	-0.0603	0.2854	-0.058	0.2397	-0.8561	16.1519	42.5289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 169 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 170 through 196 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 197 through 233 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 234 through 258 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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