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- PDB-6agx: The cocrystal structure of FGFR2 bound with compound 14 harboring... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6agx
タイトルThe cocrystal structure of FGFR2 bound with compound 14 harboring 5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine scaffold
要素Fibroblast growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Tyrosine-protein kinase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development ...Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development / prostate gland morphogenesis / otic vesicle formation / regulation of smooth muscle cell differentiation / regulation of morphogenesis of a branching structure / orbitofrontal cortex development / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / embryonic organ morphogenesis / branching morphogenesis of a nerve / endochondral bone growth / morphogenesis of embryonic epithelium / bud elongation involved in lung branching / epidermis morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / reproductive structure development / limb bud formation / membranous septum morphogenesis / gland morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / embryonic digestive tract morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / positive regulation of phospholipase activity / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / branching involved in prostate gland morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / lung lobe morphogenesis / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / regulation of osteoblast proliferation / fibroblast growth factor receptor activity / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / pyramidal neuron development / lung-associated mesenchyme development / embryonic cranial skeleton morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / regulation of smoothened signaling pathway / mesodermal cell differentiation / bone morphogenesis / digestive tract development / odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / skeletal system morphogenesis / organ growth / inner ear morphogenesis / hair follicle morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / lung alveolus development / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of osteoblast differentiation / PI-3K cascade:FGFR2 / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / bone mineralization / midbrain development / fibroblast growth factor binding / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / excitatory synapse / epithelial to mesenchymal transition / cell fate commitment / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SHC-mediated cascade:FGFR2 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / FRS-mediated FGFR2 signaling / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / Signaling by FGFR2 in disease / epithelial cell differentiation / axonogenesis / lung development / Negative regulation of FGFR2 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / animal organ morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / post-embryonic development / receptor protein-tyrosine kinase / bone development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9WX / Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Xiong, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDA12020317 中国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The cocrystal structure of FGFR2 bound with compound 14 harboring 5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazine scaffold
著者: Xiong, B.
履歴
登録2018年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 2
B: Fibroblast growth factor receptor 2
C: Fibroblast growth factor receptor 2
D: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,1968
ポリマ－138,1984
非ポリマー1,9984
水00
1
A: Fibroblast growth factor receptor 2
B: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0984
ポリマ－69,0992
非ポリマー9992
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
2
C: Fibroblast growth factor receptor 2
D: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0984
ポリマ－69,0992
非ポリマー9992
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.317, 78.270, 99.251
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 467 - 764 / Label seq-ID: 1 - 298

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR-2 / K-sam / KGFR / Keratinocyte growth factor receptor


分子量: 34549.496 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 467-764 / 変異: A628T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR2
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P21802, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-9WX / ethyl [4-({3-[2-(3,5-dimethoxyphenyl)ethyl]-5H-pyrrolo[2,3-b]pyrazin-5-yl}sulfonyl)-1H-imidazol-1-yl]acetate


分子量: 499.540 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C23H25N5O6S
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 30%(w/v) PEG 5000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月11日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 27621 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 0.709 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.95-32.50.75313550.440.580.9560.76997.8
3-3.062.50.68614060.4550.530.8720.75897.6
3.06-3.112.50.55314030.4980.4210.6990.76297.8
3.11-3.182.60.41313940.7160.3120.520.7797.8
3.18-3.252.50.41213750.70.3150.5210.8197.7
3.25-3.322.50.3514010.7670.2620.440.78397.9
3.32-3.412.50.2614120.8530.1940.3260.79597.3
3.41-3.52.50.22513510.8730.170.2830.80396.4
3.5-3.62.30.18713870.9030.1460.2390.82296
3.6-3.722.30.14513760.9170.1130.1840.80796.1
3.72-3.852.50.13313990.9180.0990.1670.81396.8
3.85-42.60.10413710.9340.0760.1290.80396.4
4-4.192.60.0914010.9410.0660.1120.83897.3
4.19-4.412.60.07313940.9620.0530.0910.78196.2
4.41-4.682.60.06413520.9630.0470.080.67594.9
4.68-5.042.50.05513650.9790.040.0690.65694.7
5.04-5.552.30.05113700.9690.0390.0640.5294.3
5.55-6.352.60.04413770.9780.0310.0540.41295.3
6.35-82.60.03813760.9850.0280.0470.34193.9
8-502.40.03813560.9830.0290.0480.4589.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0230精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J95

4j95


解像度: 2.95→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.576
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2984 1269 4.9 %RANDOM
Rwork0.2514 ---
obs0.2537 24653 90.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.09 Å2 / Biso mean: 58.986 Å2 / Biso min: 27.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9380 0 140 0 9520
Biso mean--72.73 --
残基数----1165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0149760
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178929
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1471.70613219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3351.66320975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32551173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6722.448482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.008151778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.121564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.21216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021703
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A88560.1
12B88560.1
21A89230.1
22C89230.1
31A88480.09
32D88480.09
41B88630.08
42C88630.08
51B94930.08
52D94930.08
61C89100.08
62D89100.08
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 62 -
Rwork0.307 1330 -
all-1392 -
obs--66.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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