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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human alpha5beta3 GABAA receptor in complex with GABA and Nb25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | CryoEM Structure of the human %u03B15%u03B23 GABAA receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | IRON CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / GABA receptor binding / inhibitory synapse assembly ...inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / GABA receptor binding / inhibitory synapse assembly / innervation / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / nervous system process / neurotransmitter receptor activity / cochlea development / neuronal cell body membrane / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / associative learning / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / behavioral fear response / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / signaling receptor activity / presynaptic membrane / postsynapse / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Liu S / Xu L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the human α5β3 GABA receptor. 著者: Si Liu / Lingyi Xu / Fenghui Guan / Yun-Tao Liu / Yanxiang Cui / Qing Zhang / Xiang Zheng / Guo-Qiang Bi / Z Hong Zhou / Xiaokang Zhang / Sheng Ye / ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 27.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 144.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM Structure of the human %u03B15%u03B23 GABAA receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor
全体 | 名称: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor
超分子 | 名称: Pentameric complex of 1 alpha and 4 beta GABA receptor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Nb25
分子 | 名称: Nb25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.673024 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG LVQAGGSLRL SCAASGHTFN YPIMGWFRQA PGKEREFVGA ISWSGGSTSY ADSVKDRFTI SRDNAKNTVY LEMNNLKPE DTAVYYCAAK GRYSGGLYYP TNYDYWGQGT QVTVSS |
-分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyri...
分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 42.052711 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MWGLAGGRLF GIFSAPVLVA VVCCAQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY ...文字列: MWGLAGGRLF GIFSAPVLVA VVCCAQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGPP VCVGMNIDIA SIDMVSEVNM DYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS FVHGVTVKNR MIRLHPDGTV LYGLRITTTA A CMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD IEFYWRGGDK AVTGVERIEL PQFSIVEHRL VSRNVVFATG AYPRLSLSFR LK RNIGYFI LQTYMPSILI TILSWVSFWI NYDASAARVA LGITTVLTMT TINTHLRETL PKIPYVKAID MYLMGCFVFV FLA LLEYAF VNYIFFSQPA RAAAIDRWSR IVFPFTFSLF NLVYWLYYVN UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 |
-分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyr...
分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 44.456113 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDNGMFSGFI MIKNLLLFCI SMNLSSHFGF SQMPTSSVKD ETNDNITIFT RILDGLLDGY DNRLRPGLGE RITQVRTDIY VTSFGPVSD TEMEYTIDVF FRQSWKDERL RFKGPMQRLP LNNLLASKIW TPDTFFHNGK KSIAHNMTTP NKLLRLEDDG T LLYTMRLT ...文字列: MDNGMFSGFI MIKNLLLFCI SMNLSSHFGF SQMPTSSVKD ETNDNITIFT RILDGLLDGY DNRLRPGLGE RITQVRTDIY VTSFGPVSD TEMEYTIDVF FRQSWKDERL RFKGPMQRLP LNNLLASKIW TPDTFFHNGK KSIAHNMTTP NKLLRLEDDG T LLYTMRLT ISAECPMQLE DFPMDAHACP LKFGSYAYPN SEVVYVWTNG STKSVVVAED GSRLNQYHLM GQTVGTENIS TS TGEYTIM TAHFHLKRKI GYFVIQTYLP CIMTVILSQV SFWLNRESVP ARTVFGVTTV LTMTTLSISA RNSLPKVAYA TAM DWFIAV CYAFVFSALI EFATVNYFTK SQPARAAKID KMSRIVFPVL FGTFNLVYWA TYLNREPVIK GAASPK UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5, Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5 |
-分子 #8: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
分子 | 名称: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ABU |
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分子量 | 理論値: 103.12 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ABU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |