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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6535 | |||||||||
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タイトル | Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase and pumpjack motion | |||||||||
マップデータ | Structure of CMG with "Flat" Mcm2-7 ring | |||||||||
試料 |
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キーワード | CMG helicase / Cryo-EM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Unwinding of DNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication ...Unwinding of DNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Yuan Z / Bai L / Sun J / Georgescu RE / Liu J / O'Donnell ME / Li H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Structure of the eukaryotic replicative CMG helicase suggests a pumpjack motion for translocation. 著者: Zuanning Yuan / Lin Bai / Jingchuan Sun / Roxana Georgescu / Jun Liu / Michael E O'Donnell / Huilin Li / 要旨: The CMG helicase is composed of Cdc45, Mcm2-7 and GINS. Here we report the structure of the Saccharomyces cerevisiae CMG, determined by cryo-EM at a resolution of 3.7-4.8 Å. The structure reveals ...The CMG helicase is composed of Cdc45, Mcm2-7 and GINS. Here we report the structure of the Saccharomyces cerevisiae CMG, determined by cryo-EM at a resolution of 3.7-4.8 Å. The structure reveals that GINS and Cdc45 scaffold the N tier of the helicase while enabling motion of the AAA+ C tier. CMG exists in two alternating conformations, compact and extended, thus suggesting that the helicase moves like an inchworm. The N-terminal regions of Mcm2-7, braced by Cdc45-GINS, form a rigid platform upon which the AAA+ C domains make longitudinal motions, nodding up and down like an oil-rig pumpjack attached to a stable platform. The Mcm ring is remodeled in CMG relative to the inactive Mcm2-7 double hexamer. The Mcm5 winged-helix domain is inserted into the central channel, thus blocking entry of double-stranded DNA and supporting a steric-exclusion DNA-unwinding model. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6535.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6535-v30.xml emd-6535.xml | 9.8 KB 9.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6535.jpg | 169 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6535 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6535 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6535_validation.pdf.gz | 368.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6535_full_validation.pdf.gz | 368.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6535_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6535 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6535 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6535.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of CMG with "Flat" Mcm2-7 ring | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Saccharomyces cerevisiae CMG complex
全体 | 名称: Saccharomyces cerevisiae CMG complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Saccharomyces cerevisiae CMG complex
超分子 | 名称: Saccharomyces cerevisiae CMG complex / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 700 KDa |
-分子 #1: CMG complex
分子 | 名称: CMG complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CMG / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Yeast |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | 詳細: 20 mM Tris acetate, 40 mM potassium glutamate, 2 mM DTT, 0.1 mM EDTA |
グリッド | 詳細: 400 mesh holey carbon C-flat grid, glow-discharged in air |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2015年8月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 8000 / 平均電子線量: 50 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 49505 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | All steps, including automatic particle picking, 2D classification, 3D classification, and 3D refinement were performed in Relion 1.4. |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND4 |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion_1.4 / 使用した粒子像数: 178530 |