[日本語] English
万見
- EMDB-6470: Single particle reconstruction of AAV-DJ in complex with ARIXTRA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6470
タイトルSingle particle reconstruction of AAV-DJ in complex with ARIXTRA
マップデータReconstruction of adeno-associated virus variant DJ in complex with Arixtra
試料
  • 試料: Adeno-associated virusアデノ随伴ウイルス
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
  • リガンド: Fondaparinuxフォンダパリヌクス
キーワードgene therapy (遺伝子治療)
生物種unidentified (未定義) / Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Spear JM / Noble AJ / Xie Q / Sousa DR / Chapman MS / Stagg SM
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2015
タイトル: The influence of frame alignment with dose compensation on the quality of single particle reconstructions.
著者: John M Spear / Alex J Noble / Qing Xie / Duncan R Sousa / Michael S Chapman / Scott M Stagg /
要旨: As direct electron detection devices in cryo-electron microscopy become ubiquitous, the field is now ripe for new developments in image analysis techniques that take advantage of their increased SNR ...As direct electron detection devices in cryo-electron microscopy become ubiquitous, the field is now ripe for new developments in image analysis techniques that take advantage of their increased SNR coupled with their high-throughput frame collection abilities. In approaching atomic resolution of native-like biomolecules, the accurate extraction of structural locations and orientations of side-chains from frames depends not only on the electron dose that a sample receives but also on the ability to accurately estimate the CTF. Here we use a new 2.8Å resolution structure of a recombinant gene therapy virus, AAV-DJ with Arixtra, imaged on an FEI Titan Krios with a DE-20 direct electron detector to probe new metrics including relative side-chain density and ResLog analysis for optimizing the compensation of electron beam damage and to characterize the factors that are limiting the resolution of the reconstruction. The influence of dose compensation on the accuracy of CTF estimation and particle classifiability are also presented. We show that rigorous dose compensation allows for better particle classifiability and greater recovery of structural information from negatively charged, electron-sensitive side-chains, resulting in a more accurate macromolecular model.
履歴
登録2015年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月7日-
マップ公開2015年10月7日-
更新2015年11月25日-
現状2015年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6470.gif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6470.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 300.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of adeno-associated virus variant DJ in complex with Arixtra
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.215 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09 / ムービー #1: 0.09
最小 - 最大-0.30731693 - 0.56448966
平均 (標準偏差)-0.01868093 (±0.02429028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 524.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2151.2151.215
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z524.880524.880524.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.3070.564-0.019

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Adeno-associated virus

全体名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • 試料: Adeno-associated virusアデノ随伴ウイルス
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
  • リガンド: Fondaparinuxフォンダパリヌクス

-
超分子 #1000: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 60 viral subunits form the icosahedral capsid / Number unique components: 2
分子量理論値: 3.75 MDa

-
超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Sci species serotype: DJ
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: SF9 / 組換プラスミド: bacmid
分子量実験値: 3.75 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Shell 1 / 直径: 250 Å / T番号(三角分割数): 1

-
分子 #1: Fondaparinux

分子名称: Fondaparinux / タイプ: ligand / ID: 1 / Name.synonym: Arixtra
詳細: Arixtra was added in a 10X molar excess to AAV-DJ monomers
組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量実験値: 1.727 KDa
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-PRD_900028:
Unknown entry

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50mM HEPES, 25mM MgCl2, 25mM NaCl
グリッド詳細: R2/2 200 mesh copper grids that were rendered hydrophilic in 75/25 % Ar/O.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3ul of 0.6 mg/ml AAV-DJ was applied to grid and then hand blotted. After initial hand blotting, 3ul of 5.7mM Arixtra was added, the grid was mechanically blotted, and then vitrified.
手法: blot force = 1, blot time = 3 seconds, total blots = 1.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49383 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism was corrected at 155000 times magnification
日付2015年1月6日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
実像数: 1051 / 平均電子線量: 66 e/Å2 / 詳細: every image is the sum of 45 frames / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: by image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, Frealign / 使用した粒子像数: 120166
詳細Particles were picked using an automatic selection program. Particles over carbon were manually deselected.
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る