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- EMDB-6453: Electron cryo-microscopy of a betanodavirus virus-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6453
タイトルElectron cryo-microscopy of a betanodavirus virus-like particle
マップデータReconstruction of virus-like particle orange-spotted grouper nervous necrosis virus (OGNNV)
試料
  • 試料: Virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus generated in E.coli
  • ウイルス: Orange-spotted grouper nervous necrosis virus (ウイルス)
キーワードvirus-like particle / orange-spotted grouper nervous necrosis virus / betanodavirus
機能・相同性Nodavirus capsid / nodavirus capsid protein / Viral coat protein subunit / Virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus
機能・相同性情報
生物種Orange-spotted grouper nervous necrosis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Junfeng XIE / Kunpeng LI / Yuanzhu GAO / Runqing HUANG / Yuxiong LAI / Yan SHI / Shaowei YANG / Guohua ZHU / Qinfen ZHANG / Jianguo HE
引用ジャーナル: Vet Res / 年: 2016
タイトル: Structural analysis and insertion study reveal the ideal sites for surface displaying foreign peptides on a betanodavirus-like particle.
著者: Junfeng Xie / Kunpeng Li / Yuanzhu Gao / Runqing Huang / Yuxiong Lai / Yan Shi / Shaowei Yang / Guohua Zhu / Qinfen Zhang / Jianguo He /
要旨: Betanodavirus infection causes fatal disease of viral nervous necrosis in many cultured marine and freshwater fish worldwide and the virus-like particles (VLP) are effective vaccines against ...Betanodavirus infection causes fatal disease of viral nervous necrosis in many cultured marine and freshwater fish worldwide and the virus-like particles (VLP) are effective vaccines against betanodavirus. But vaccine and viral vector designs of betanodavirus VLP based on their structures remain lacking. Here, the three-dimensional structure of orange-spotted grouper nervous necrosis virus (OGNNV) VLP (RBS) at 3.9 Å reveals the organization of capsid proteins (CP). Based on the structural results, seven putative important sites were selected to genetically insert a 6× histidine (His)-tag for VLP formation screen, resulting in four His-tagged VLP (HV) at positions N-terminus, Ala220, Pro292 and C-terminus. The His-tags of N-terminal HV (NHV) were concealed inside virions while those of 220HV and C-terminal HV (CHV) were displayed at the outer surface. NHV, 220HV and CHV maintained the same cell entry ability as RBS in the Asian sea bass (SB) cell line, indicating that their similar surface structures can be recognized by the cellular entry receptor(s). For application of vaccine design, chromatography-purified CHV could provoke NNV-specific antibody responses as strong as those of RBS in a sea bass immunization assay. Furthermore, in carrying capacity assays, N-terminus and Ala220 can only carry short peptides and C-terminus can even accommodate large protein such as GFP to generate fluorescent VLP (CGV). For application of a viral vector, CGV could be real-time visualized to enter SB cells in invasion study. All the results confirmed that the C-terminus of CP is a suitable site to accommodate foreign peptides for vaccine design and viral vector development.
履歴
登録2015年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月18日-
マップ公開2016年10月19日-
更新2016年10月19日-
現状2016年10月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jbm
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3jbm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6453.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 412 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of virus-like particle orange-spotted grouper nervous necrosis virus (OGNNV)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 447.84 Å		0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 447.84 Å		0.93 Å/pix.
x 480 pix.
= 447.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.933 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.2 / ムービー #1: 3.2
最小 - 最大-9.71350861 - 14.21226978
平均 (標準偏差)0.00352491 (±0.94922048)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 447.84003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9330.9330.933
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z447.840447.840447.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-9.71414.2120.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis vi...

全体名称: Virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus generated in E.coli
要素
  • 試料: Virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus generated in E.coli
  • ウイルス: Orange-spotted grouper nervous necrosis virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis vi...

超分子名称: Virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus generated in E.coli
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 6.8 MDa

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超分子 #1: Orange-spotted grouper nervous necrosis virus

超分子名称: Orange-spotted grouper nervous necrosis virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 421750 / 生物種: Orange-spotted grouper nervous necrosis virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Epinephelus coioides (チャイロマルハタ) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: M15 / 組換プラスミド: pQE30
分子量理論値: 6.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 380 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: PBS buffer
グリッド詳細: 300 mesh Quantifoil copper grid with thin carbon support, glow discharged in air atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot for 5 min before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 95 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 200000 times magnification
詳細Weak beam illumination
日付2011年2月26日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / 実像数: 1359 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.91 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected manually.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, JSPR / 使用した粒子像数: 32000

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4nww

ソフトウェア名称: Coot, Phenix
詳細Local refinement
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-3jbm:
Electron cryo-microscopy of a virus-like particle of orange-spotted grouper nervous necrosis virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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