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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6354 | |||||||||
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タイトル | Asymmetric (C1) reconstruction of EB3-bound microtubule (merged dataset containing tubulin bound to GTPgammaS, GMPCPP and GDP) | |||||||||
マップデータ | Asymmetric (C1) reconstruction of EB3-bound microtubule (merged dataset containing tubulin bound to GTPgammaS, GMPCPP and GDP) | |||||||||
試料 |
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キーワード | microtubule / EB3 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin ...mitotic spindle astral microtubule end / protein localization to microtubule / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / microtubule organizing center / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / spindle midzone / spindle assembly / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / protein localization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / midbody / microtubule binding / microtubule / cell division / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang R / Alushin GM / Brown A / Nogales E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2015 タイトル: Mechanistic Origin of Microtubule Dynamic Instability and Its Modulation by EB Proteins. 著者: Rui Zhang / Gregory M Alushin / Alan Brown / Eva Nogales / 要旨: Microtubule (MT) dynamic instability is driven by GTP hydrolysis and regulated by microtubule-associated proteins, including the plus-end tracking end-binding protein (EB) family. We report six cryo- ...Microtubule (MT) dynamic instability is driven by GTP hydrolysis and regulated by microtubule-associated proteins, including the plus-end tracking end-binding protein (EB) family. We report six cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of MTs, at 3.5 Å or better resolution, bound to GMPCPP, GTPγS, or GDP, either decorated with kinesin motor domain after polymerization or copolymerized with EB3. Subtle changes around the E-site nucleotide during hydrolysis trigger conformational changes in α-tubulin around an "anchor point," leading to global lattice rearrangements and strain generation. Unlike the extended lattice of the GMPCPP-MT, the EB3-bound GTPγS-MT has a compacted lattice that differs in lattice twist from that of the also compacted GDP-MT. These results and the observation that EB3 promotes rapid hydrolysis of GMPCPP suggest that EB proteins modulate structural transitions at growing MT ends by recognizing and promoting an intermediate state generated during GTP hydrolysis. Our findings explain both EBs end-tracking behavior and their effect on microtubule dynamics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6354.map.gz | 96.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6354-v30.xml emd-6354.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6354.gif 80_6354.gif | 161.4 KB 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6354 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6354 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6354_validation.pdf.gz | 372 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6354_full_validation.pdf.gz | 371.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6354_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6354 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6354 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3jawMC 6347C 6348C 6349C 6350C 6351C 6352C 6353C 6355C 3jakC 3jalC 3jarC 3jasC 3jatC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6354.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 500 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Asymmetric (C1) reconstruction of EB3-bound microtubule (merged dataset containing tubulin bound to GTPgammaS, GMPCPP and GDP) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EB3-bound microtubule (merged dataset containing tubulin bound to...
全体 | 名称: EB3-bound microtubule (merged dataset containing tubulin bound to GTPgammaS, GMPCPP, and GDP) |
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要素 |
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-超分子 #1000: EB3-bound microtubule (merged dataset containing tubulin bound to...
超分子 | 名称: EB3-bound microtubule (merged dataset containing tubulin bound to GTPgammaS, GMPCPP, and GDP) タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Merged dataset containing tubulin bound to GTPgammaS, GMPCPP, and GDP 集合状態: helical assembly / Number unique components: 3 |
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-分子 #1: Alpha tubulin
分子 | 名称: Alpha tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Porcine tubulin powder was purchased from Cytoskeleton Inc. 集合状態: Helical assembly / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Porcine / 組織: Brain / Organelle: Cytoplasm / 細胞中の位置: Cytoskeleton |
分子量 | 理論値: 55 KDa |
配列 | UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain |
-分子 #2: Beta tubulin
分子 | 名称: Beta tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Porcine tubulin powder was purchased from Cytoskeleton Inc. 集合状態: Helical assembly / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 別称: Porcine / 組織: Brain / Organelle: Cytoplasm / 細胞中の位置: Cytoskeleton |
分子量 | 理論値: 55 KDa |
配列 | UniProtKB: Tubulin beta chain |
-分子 #3: EB3
分子 | 名称: EB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: MAPRE3 詳細: A monomeric construct containing residues 1-200, which lacks the C-terminal dimerization domain 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Cytoplasm / 細胞中の位置: Cytoskeleton |
分子量 | 理論値: 23 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21-CodonPlus-(DE3)-RIL / 組換プラスミド: 2BT |
配列 | UniProtKB: Microtubule-associated protein RP/EB family member 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 詳細: 80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.05% Nonidet P-40 |
グリッド | 詳細: 400 mesh C-flat 1.2/1.3 EM grid, glow discharged in Ar/O2 gas (Solarus, Gatan Inc) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 90.4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot once for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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温度 | 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 27,500 times magnification. |
詳細 | The camera was operated in counting mode, with a dose rate of ~8 electrons/pixel/s on the camera. A total exposure time of 6 s was fractionated into 20 movie frames. |
日付 | 2013年5月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 922 / 平均電子線量: 27.6 e/Å2 詳細: The camera was operated in counting mode, with a dose rate of ~8 electrons/pixel/s on the camera. A total exposure time of 6 s was fractionated into 20 movie frames. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 27500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 27500 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Gatan 626 holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTFFIND4, each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.44 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 27.71 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN1, FREALIGN / 詳細: asymmetric (C1) reconstruction / 使用した粒子像数: 79702 |