+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6310 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A Virus that Infects a Hyperthermophile Encapsidates A-Form DNA | |||||||||
![]() | Reconstruction of SIRV2 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | archaeal virus / helical symmetry | |||||||||
機能・相同性 | Sulfolobus virus, coat protein, C-terminal / Sulfolobus virus coat protein C terminal / Sulf_coat_C domain-containing protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | DiMaio F / Yu X / Rensen E / Krupovic M / Prangishvili D / Egelman E | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Virology. A virus that infects a hyperthermophile encapsidates A-form DNA. 著者: Frank DiMaio / Xiong Yu / Elena Rensen / Mart Krupovic / David Prangishvili / Edward H Egelman / ![]() ![]() 要旨: Extremophiles, microorganisms thriving in extreme environmental conditions, must have proteins and nucleic acids that are stable at extremes of temperature and pH. The nonenveloped, rod-shaped virus ...Extremophiles, microorganisms thriving in extreme environmental conditions, must have proteins and nucleic acids that are stable at extremes of temperature and pH. The nonenveloped, rod-shaped virus SIRV2 (Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2) infects the hyperthermophilic acidophile Sulfolobus islandicus, which lives at 80°C and pH 3. We have used cryo-electron microscopy to generate a three-dimensional reconstruction of the SIRV2 virion at ~4 angstrom resolution, which revealed a previously unknown form of virion organization. Although almost half of the capsid protein is unstructured in solution, this unstructured region folds in the virion into a single extended α helix that wraps around the DNA. The DNA is entirely in the A-form, which suggests a common mechanism with bacterial spores for protecting DNA in the most adverse environments. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 29.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() | 76.7 KB 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 383.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 383.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3j9xMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 35.9 Data #1: image segments of SIRV2 [micrographs - single frame]) |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of SIRV2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : SIRV2
全体 | 名称: SIRV2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: SIRV2
超分子 | 名称: SIRV2 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
---|
-超分子 #1: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2
超分子 | 名称: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SIRV2 / NCBI-ID: 157899 / 生物種: Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: SIRV2 |
---|---|
宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
日付 | 2014年9月19日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 437 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
詳細 | IHRSR |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.9 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 24.5 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider |
CTF補正 | 詳細: multiply images by CTF, divide reconstruction by sum of CTF**2 |