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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5zet | ||||||
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タイトル | M. smegmatis P/P state 50S ribosomal subunit | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translating-state / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome ...large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Mishra, S. / Ahmed, T. / Tyagi, A. / Shi, J. / Bhushan, S. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018 タイトル: Structures of Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in complex with HPF, tmRNA, and P-tRNA. 著者: Satabdi Mishra / Tofayel Ahmed / Anu Tyagi / Jian Shi / Shashi Bhushan / 要旨: Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these ...Ribosomes are the dynamic protein synthesis machineries of the cell. They may exist in different functional states in the cell. Therefore, it is essential to have structural information on these different functional states of ribosomes to understand their mechanism of action. Here, we present single particle cryo-EM reconstructions of the Mycobacterium smegmatis 70S ribosomes in the hibernating state (with HPF), trans-translating state (with tmRNA), and the P/P state (with P-tRNA) resolved to 4.1, 12.5, and 3.4 Å, respectively. A comparison of the P/P state with the hibernating state provides possible functional insights about the Mycobacteria-specific helix H54a rRNA segment. Interestingly, densities for all the four OB domains of bS1 protein is visible in the hibernating 70S ribosome displaying the molecular details of bS1-70S interactions. Our structural data shows a Mycobacteria-specific H54a-bS1 interaction which seems to prevent subunit dissociation and degradation during hibernation without the formation of 100S dimer. This indicates a new role of bS1 protein in 70S protection during hibernation in Mycobacteria in addition to its conserved function during translation initiation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5zet.cif.gz | 2.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5zet.ent.gz | 1.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5zet.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5zet_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5zet_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5zet_validation.xml.gz | 186.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5zet_validation.cif.gz | 301.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/5zet | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6922MC 6920C 6921C 6923C 6925C 5zebC 5zepC 5zeuC 5zeyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ1234567
-RNA鎖 , 2種, 2分子 BA
#25: RNA鎖 | 分子量: 38038.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627 |
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#26: RNA鎖 | 分子量: 1012140.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: GenBank: 118168627 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 8
#34: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2841.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QTP4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Translating-state 50S ribosome structure from M.smegmatis タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 細胞内の位置: cytoplasm |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 1.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 391837 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 最高解像度: 3.2 Å |