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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5vox | ||||||||||||||||||
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タイトル | Yeast V-ATPase in complex with Legionella pneumophila effector SidK (rotational state 1) | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / V-ATPase / SidK / rotational state 1 | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vacuole-mitochondrion membrane contact site / protein localization to vacuolar membrane / cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 ...vacuole-mitochondrion membrane contact site / protein localization to vacuolar membrane / cell wall mannoprotein biosynthetic process / ATPase-coupled ion transmembrane transporter activity / cellular response to alkaline pH / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / polyphosphate metabolic process / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / P-type proton-exporting transporter activity / pexophagy / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / protein targeting to vacuole / vacuole organization / cellular hyperosmotic response / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / fungal-type vacuole / intein-mediated protein splicing / intron homing / vacuolar acidification / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / fungal-type vacuole membrane / proton transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / cell periphery / transmembrane transport / intracellular calcium ion homeostasis / cytoplasmic stress granule / endocytosis / ATPase binding / protein-containing complex assembly / endonuclease activity / intracellular iron ion homeostasis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / membrane raft / Golgi membrane / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhao, J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2017 タイトル: Molecular basis for the binding and modulation of V-ATPase by a bacterial effector protein. 著者: Jianhua Zhao / Ksenia Beyrakhova / Yao Liu / Claudia P Alvarez / Stephanie A Bueler / Li Xu / Caishuang Xu / Michal T Boniecki / Voula Kanelis / Zhao-Qing Luo / Miroslaw Cygler / John L Rubinstein / 要旨: Intracellular pathogenic bacteria evade the immune response by replicating within host cells. Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires' Disease, makes use of numerous effector ...Intracellular pathogenic bacteria evade the immune response by replicating within host cells. Legionella pneumophila, the causative agent of Legionnaires' Disease, makes use of numerous effector proteins to construct a niche supportive of its replication within phagocytic cells. The L. pneumophila effector SidK was identified in a screen for proteins that reduce the activity of the proton pumping vacuolar-type ATPases (V-ATPases) when expressed in the yeast Saccharomyces cerevisae. SidK is secreted by L. pneumophila in the early stages of infection and by binding to and inhibiting the V-ATPase, SidK reduces phagosomal acidification and promotes survival of the bacterium inside macrophages. We determined crystal structures of the N-terminal region of SidK at 2.3 Å resolution and used single particle electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine structures of V-ATPase:SidK complexes at ~6.8 Å resolution. SidK is a flexible and elongated protein composed of an α-helical region that interacts with subunit A of the V-ATPase and a second region of unknown function that is flexibly-tethered to the first. SidK binds V-ATPase strongly by interacting via two α-helical bundles at its N terminus with subunit A. In vitro activity assays show that SidK does not inhibit the V-ATPase completely, but reduces its activity by ~40%, consistent with the partial V-ATPase deficiency phenotype its expression causes in yeast. The cryo-EM analysis shows that SidK reduces the flexibility of the A-subunit that is in the 'open' conformation. Fluorescence experiments indicate that SidK binding decreases the affinity of V-ATPase for a fluorescent analogue of ATP. Together, these results reveal the structural basis for the fine-tuning of V-ATPase activity by SidK. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 5vox.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5vox.ent.gz | 700 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5vox.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
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文書・要旨 | 5vox_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5vox_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5vox_validation.xml.gz | 147.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5vox_validation.cif.gz | 264 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/5vox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/5vox | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEefg
#1: タンパク質 | 分子量: 67796.508 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P17255, H+-transporting two-sector ATPase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #16: タンパク質 | 分子量: 65490.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 (バクテリア) 遺伝子: lp12_0990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8UUS6 |
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-V-type proton ATPase subunit ... , 14種, 27分子 BDFGIKHJLMNOPQRSTUVWXYZabcd
#2: タンパク質 | 分子量: 57815.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P16140 #3: タンパク質 | 分子量: 26508.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22203 #4: タンパク質 | 分子量: 12738.706 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48836 #5: タンパク質 | | 分子量: 29235.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32610 #6: タンパク質 | | 分子量: 13479.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39111 #7: タンパク質 | | 分子量: 44241.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P31412 #8: タンパク質 | | 分子量: 54482.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41807 #9: タンパク質 | | 分子量: 39822.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32366 #10: タンパク質 | | 分子量: 22610.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23968 #11: タンパク質 | | 分子量: 17046.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32842 #12: タンパク質 | 分子量: 16357.501 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25515 #13: タンパク質 | | 分子量: 95625.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32563 #14: タンパク質 | | 分子量: 8387.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7B6 #15: タンパク質 | | 分子量: 4613.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23924 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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