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- PDB-5uot: CryoEM structure of the helical assembly of full length MxB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uot
タイトルCryoEM structure of the helical assembly of full length MxB
要素Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / cryoEM / mx2 / mxb / assembly / interferon / hiv-1 / dynamin / helical reconstruction / Molecular dynamic simulation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interferon-alpha / regulation of nucleocytoplasmic transport / mRNA transport / nuclear pore / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / defense response / Interferon alpha/beta signaling / protein transport / microtubule binding ...response to interferon-alpha / regulation of nucleocytoplasmic transport / mRNA transport / nuclear pore / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / defense response / Interferon alpha/beta signaling / protein transport / microtubule binding / microtubule / defense response to virus / regulation of cell cycle / innate immune response / GTPase activity / GTP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain ...Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Perilla, J.R. / Alvarez, F.J.D. / Zhang, P. / Schulten, K.
資金援助 米国, 英国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of HealthGM082251, GM085043, GM104601, GM067887, AI039394 米国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
National Science FoundationOCI 07-25070, ACI-1238993 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: CryoEM structure of MxB reveals a novel oligomerization interface critical for HIV restriction.
著者: Frances J D Alvarez / Shaoda He / Juan R Perilla / Sooin Jang / Klaus Schulten / Alan N Engelman / Sjors H W Scheres / Peijun Zhang /
要旨: Human dynamin-like, interferon-induced myxovirus resistance 2 (Mx2 or MxB) is a potent HIV-1 inhibitor. Antiviral activity requires both the amino-terminal region of MxB and protein oligomerization, ...Human dynamin-like, interferon-induced myxovirus resistance 2 (Mx2 or MxB) is a potent HIV-1 inhibitor. Antiviral activity requires both the amino-terminal region of MxB and protein oligomerization, each of which has eluded structural determination due to difficulties in protein preparation. We report that maltose binding protein-fused, full-length wild-type MxB purifies as oligomers and further self-assembles into helical arrays in physiological salt. Guanosine triphosphate (GTP), but not guanosine diphosphate, binding results in array disassembly, whereas subsequent GTP hydrolysis allows its reformation. Using cryo-electron microscopy (cryoEM), we determined the MxB assembly structure at 4.6 Å resolution, representing the first near-atomic resolution structure in the mammalian dynamin superfamily. The structure revealed previously described and novel MxB assembly interfaces. Mutational analyses demonstrated a critical role for one of the novel interfaces in HIV-1 restriction.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_status
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_3d_fitting_list
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8577
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8577
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
1: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
2: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
3: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
4: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
5: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
6: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
7: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
8: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
9: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
a: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
b: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
c: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
d: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
e: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
f: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
g: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
h: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
i: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
j: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
k: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
l: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
m: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
n: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
o: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
p: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
q: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
r: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
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t: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
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v: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
w: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
x: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
y: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
z: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
B: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
C: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
D: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
E: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
F: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
G: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
H: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
I: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
J: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
K: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
L: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
M: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
N: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
O: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
P: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
Q: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
R: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
S: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
T: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
U: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
V: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
W: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
X: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
Y: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2
Z: Interferon-induced GTP-binding protein Mx2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,400,74562
ポリマ－4,400,74562
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area285260 Å2
ΔGint-1258 kcal/mol
Surface area1754500 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
Interferon-induced GTP-binding protein Mx2 / Interferon-regulated resistance GTP-binding protein MxB / Myxovirus resistance protein 2 / p78-related protein


分子量: 70979.758 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MX2 / 発現宿主: Mammalia (両生類) / 参照: UniProt: P20592

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: helical assembly of MBP fusion of MxB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1252 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Mammalia (両生類)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHEPES1
32 mM(ethylene glycol-bis(B-aminoethyl ether)-N,N,N',N'-tetraacetic acid)EGTA1
41 mMDithiothreitolDTT1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 93000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.2 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1123
画像スキャン動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 2-6

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2SerialEM画像取得
4Gctf0.5CTF補正
7MDFF2.1モデルフィッティング
9MDFF3モデル精密化
12RELION2.0 beta分類
13RELION2.0 beta３次元再構成
14NAMDモデルフィッティング
15Rosettaモデルフィッティング
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 58.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.25 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 51553
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44955 / クラス平均像の数: 64 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築
IDプロトコル空間
1FLEXIBLE FITREAL
2
原子モデル構築

Accession code: 4WHJ / Initial refinement model-ID: 1 / Pdb chain residue range: 92-711 / PDB-ID: 4WHJ

4whj

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID 3D fitting-ID
1A1
2B2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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