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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ucy | ||||||
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タイトル | Cryo-EM map of protofilament of microtubule doublet | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / cilia / doublet / protofilament / tubulin | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | ||||||
![]() | Ichikawa, M. / Liu, D. / Kastritis, P.L. / Basu, K. / Bui, K.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Subnanometre-resolution structure of the doublet microtubule reveals new classes of microtubule-associated proteins. 著者: Muneyoshi Ichikawa / Dinan Liu / Panagiotis L Kastritis / Kaustuv Basu / Tzu Chin Hsu / Shunkai Yang / Khanh Huy Bui / ![]() ![]() 要旨: Cilia are ubiquitous, hair-like appendages found in eukaryotic cells that carry out functions of cell motility and sensory reception. Cilia contain an intriguing cytoskeletal structure, termed the ...Cilia are ubiquitous, hair-like appendages found in eukaryotic cells that carry out functions of cell motility and sensory reception. Cilia contain an intriguing cytoskeletal structure, termed the axoneme that consists of nine doublet microtubules radially interlinked and longitudinally organized in multiple specific repeat units. Little is known, however, about how the axoneme allows cilia to be both actively bendable and sturdy or how it is assembled. To answer these questions, we used cryo-electron microscopy to structurally analyse several of the repeating units of the doublet at sub-nanometre resolution. This structural detail enables us to unambiguously assign α- and β-tubulins in the doublet microtubule lattice. Our study demonstrates the existence of an inner sheath composed of different kinds of microtubule inner proteins inside the doublet that likely stabilizes the structure and facilitates the specific building of the B-tubule. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 184.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 881.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 968.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 44 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C1 (非対称)) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48788.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 48009.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Protofilament from ciliary microtubule doublet / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: Blot force 3 for 5 seconds |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 5983 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 127428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23 詳細: 23 boxes of the protofilament are boxed out from the doublet map (EMD-8528), aligned and averaged using subtomogram averaging software. 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: minimization global |