[日本語] English
万見
- PDB-5tqq: Cryo-electron microscopy structure of a bovine CLC-K chloride cha... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tqq
タイトルCryo-electron microscopy structure of a bovine CLC-K chloride channel, main (class 1) conformation
要素
  • Chloride channel protein
  • Monoclonal antibody, Fab fragment, heavy chain
  • Monoclonal antibody, Fab fragment, light chain
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CLC / chloride channel / membrane / kidney
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / voltage-gated chloride channel activity / chloride transport / monoatomic ion channel complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chloride channel ClC-K / : / CBS-domain / CBS-domain / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / CBS domain superfamily / Immunoglobulins / Roll ...Chloride channel ClC-K / : / CBS-domain / CBS-domain / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / CBS domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Park, E. / MacKinnon, R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Jane Coffin Childs Memorial Fund61-1513 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of a CLC chloride ion channel by cryo-electron microscopy.
著者: Eunyong Park / Ernest B Campbell / Roderick MacKinnon /
要旨: CLC proteins transport chloride (Cl) ions across cellular membranes to regulate muscle excitability, electrolyte movement across epithelia, and acidification of intracellular organelles. Some CLC ...CLC proteins transport chloride (Cl) ions across cellular membranes to regulate muscle excitability, electrolyte movement across epithelia, and acidification of intracellular organelles. Some CLC proteins are channels that conduct Cl ions passively, whereas others are secondary active transporters that exchange two Cl ions for one H. The structural basis underlying these distinctive transport mechanisms is puzzling because CLC channels and transporters are expected to share the same architecture on the basis of sequence homology. Here we determined the structure of a bovine CLC channel (CLC-K) using cryo-electron microscopy. A conserved loop in the Cl transport pathway shows a structure markedly different from that of CLC transporters. Consequently, the cytosolic constriction for Cl passage is widened in CLC-K such that the kinetic barrier previously postulated for Cl/H transporter function would be reduced. Thus, reduction of a kinetic barrier in CLC channels enables fast flow of Cl down its electrochemical gradient.
履歴
登録2016年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年2月8日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: em_image_scans / em_sample_support ...em_image_scans / em_sample_support / em_software / pdbx_audit_support
Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.52019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.62019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8435
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chloride channel protein
L: Monoclonal antibody, Fab fragment, light chain
H: Monoclonal antibody, Fab fragment, heavy chain
B: Chloride channel protein
M: Monoclonal antibody, Fab fragment, light chain
I: Monoclonal antibody, Fab fragment, heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,9576
ポリマ－195,9576
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Chloride channel protein


分子量: 73521.484 Da / 分子数: 2 / 変異: N373Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LOC101909378 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E1B792
#2: 抗体 Monoclonal antibody, Fab fragment, light chain


分子量: 11824.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma 25E7 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Monoclonal antibody, Fab fragment, heavy chain


分子量: 12633.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): hybridoma 25E7 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: A bovine CLC-K channel complexed with a monoclonal antibody fragment (Fab)
タイプ: COMPLEX
詳細: Fab fragment generated by proteolytic (papain) cleavage of murine IgG antibody.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pFastBac (BacMam)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMTrisC4H11NO31
31 mMDL-dithiothreitolC4H10O2S21
40.04 %n-dodecyl-beta-D-maltosideC24H46O111
50.004 %cholesteryl hemisuccinateC31H50O41
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 0.3 sec. / 電子線照射量: 1.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0088 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.1モデルフィッティング
9REFMAC5.8モデル精密化
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82167
詳細: the indicated resolution was estimated on the primary map using the provided mask including Fab.
対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る